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基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
各位芝士的朋友好，今天我们继续聊我们的SNP话题，前面两讲我们分享了SNP发生的位置，发生的类型以及SNP的命名，并且特意提到了SNP的两个数据库，今天我们来学习一下这两个数据库的使用。dbSNPdbSNP 全称为The Single Nucleotide Polymorphism Database，即单核苷酸多态性数据库，意思是“DNA序列中的单一碱基对（base p...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在医学文献中，经常会发现以基因名+突变信息命名的SNP，如UGT1A9*3 98T>C，如果我们要找到这个在染色体上的位置、对应的rs编号、或者要提取序列进行sanger测序验证时，这样命名的突变位点就很难查到对应的信息。此时，通过dbSNP详细的注释信息，也能找到这个位点，虽然命名形式不同。先打开dbSNP，检索要找的基因：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj... 阅 读 全 部 >
首先强调这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。随着人类基因组计划的完成，这项工作理论上很好解决，但问题是随着基因组数据的不断完善，序列信息在不断更新，所以我们经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等。因此，使用一个快捷权威的基因组坐标转换工具尤为重要。小编通...阅读全文... 阅 读 全 部 >
俗话说，有人的地方就有江湖。混江湖当然有江湖的规矩，各行各业也都存在专门用语，也叫行话。域名江湖里面，也不例外。为了让刚刚加入域名圈圈的萌新更好地了解域名领域的来龙去脉，我们整理了一份域名术语表。1、ICANN互联网名称与数字地址分配机构是协调和管理互联网命名系统的组织。ICANN在规范域名行业方面发挥着重要作用。2、域名您网站地址中‘www...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
最近越来越多的科研君紧跟“步伐”，“玩转”起了全转录组（全转录组即包含mRNA，small RNA，lncRNA，circRNA的测序）。全转录组之所以这么火的原因就在于大家逐渐意识到单一的mRNA或ncRNA研究已无法满足科研需求，需要结合多种RNA信息进行整合分析，探索潜在的调控网络机制。而全转录组测序无疑成为阐释生物学问题的利器！但是目前存在的一个问题可能很多老师对全转录数据如何进行深度..... 阅 读 全 部 >
本文根据 2016 年 8 月复旦大学倪挺教授在「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用第一人称叙述，文中的“我”皆指倪挺教授。报告原视频详见： 表观遗传系列视频13 | 复旦倪挺：表观遗传调控与基因剪接（附PPT） ，视频全长约 2h34min，文字约 1.6 万字。虽然是四年前的视频，但内容依然不过时，可帮助我们快速建立对转录水平表观调控的认识。 倪挺博士，复旦大学...阅读全... 阅 读 全 部 >
❝如大家所知，RNA是由DNA转录而来的。然而，作为一个转录本来源的DNA转录区域却不一定是由某个连续DNA片段提供的，其中甚至可能有间隔DNA转录区的交叉，不同区域不同顺序的转录产物共同组成一个转录本，极大增加了DNA产生RNA的复杂度。高通量测序和表达谱芯片可以检测这种非常有意义的转录本剪接，今天小编就带大家简单了解一下可变剪接。❞概述可变剪接是指从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶。DNA的甲基化是在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
我们平常通过数据库查找某个基因的相关信息时，会发现该基因有多个转录本。为什么一个基因可以有多个转录本呢？转录本能干什么？转录本其实就是基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。一个基因有可能有多个转录本，原因是由于不同的剪接方式造成的。我们都知道，基因转录之后，首先是形成前体mRNA，通过剪切内含子连接外显子，5’端加帽及3’端加尾之后形成成熟的mRNA。...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
猫咪的翔到底有多臭，相信很多铲屎官已经有深深地体会了但不知道有没有铲屎官都曾经历过：明明猫咪在旁边躺得好好的，或只是刚好从你身边路过而已，但空气中却突然传来一股臭味，而放在不远处的猫砂盘明明已经是清理过了。为啥有臭味呢？这时候铲屎官不用怀疑，那味道就是你家猫咪刚放出来新鲜的屁因为猫咪是肉食性动物，体内的微生物分子很多，产生的屁浓度较高，所以大部分猫咪在放屁的时候...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >