refTSS：为转录起始位点精准“定位”的数据库
文献解析 | 联合表观基因组分析揭示了人类皮质类器官中细胞类型
ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解，一个基因越长，测序深度越高，落在其内部的read counts数目就会相对越多。当我们进行基因差异表达的分析时，往往是在多个样本中比较不同基因的表达量，如果不进行数据标准...阅读全... 阅 读 全 部 >
Pfam: the protein families database11.501Nucleic Acids Res . 2014 Jan;42(Database issue):D222-30. doi: 10.1093/nar/gkt1223. Epub 2013 Nov 27.Abstract Pfam, available via servers in the UK (http:/... 阅... 阅 读 全 部 >
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物中。它...阅读... 阅 读 全 部 >
已经陆续为大家介绍了ceRNA研究的建库方法（文章：），还有ceRNA之间的调控关系（文章：），这篇就来总结一下miRNA、 lncRNA、circRNA鉴定及靶向关系预测常用的分析工具。 miRNA鉴定去除低质量的数据，得到clean data后，还需要和Genebank、Rfam等数据库比对去除rRNA，scRNA，snoRNA，snRNA，tRNA等其它小RNA的tags，最后再进行mi..... 阅 读 全 部 >
相信不少小伙伴都遇到过这样的疑惑：收到一份转录组测序结果，辛辛苦苦查找文献，挖掘关键基因信息，眼看一篇高大上的文章即将诞生，却卡在了进行qPCR验证这最后一步：我关注的RNA序列在哪里？没有序列信息我要怎么设计引物做荧光定量PCR呢？莫慌，我们整理了派森诺各种常规转录测序产品的RNA序列信息，下面就一起来看看吧！1、 有参转录组有参考基因组的转录组项目在进行分析时，我们是...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
1.非编码RNA简介非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24nt)、长非编码lncRNA(>200nt)、核糖体RNA、核小RNA、核仁小RNA等等。随着人们认知的逐渐深入，发现这些非编码RNA在转录调控上发挥着重要的作用，并且其他部分同样具有编码...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，small RNA，non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今， RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析，与标准RNA-seq 类似，靶向富集方法可用于评...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
当当当当，基迪奥有参转录组升级啦，升级的部分从最开始的比对参考基因组，到最实用的差异分析和富集分析都有。想要了解转录组分析点的朋友们，赶紧看过来吧~首先，来看一下我们的分析流程，由于动植物的非模式生物与人大小鼠的模式生物的基因组、研究侧重点不一样，因此我们将报告拆分成了农学和医学的报告。基于非模式生物的基因组不够完整的特点，我们会进行新基因鉴定和基因结构优化的分析；而由于人大小鼠的基因组非常的完善... 阅 读 全 部 >
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