2022
07-31
07-31
数据科学01- 数据科学家的工具箱 | PASS专题
数据科学家通过许多工具软件利用庞大或者混杂数据去解决回答许多复杂的难题。数据科学问题种类包括：描述性分析（deive analyses）探索性分析（exploratory analyses）推断分析（inferential analyses）预测分析（predictive analyses）因果分析（casual analyses）...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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refTSS：为转录起始位点精准“定位”的数据库
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文献解析 | 联合表观基因组分析揭示了人类皮质类器官中细胞类型
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ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
数据科学家通过许多工具软件利用庞大或者混杂数据去解决回答许多复杂的难题。数据科学问题种类包括：描述性分析（deive analyses）探索性分析（exploratory analyses）推断分析（inferential analyses）预测分析（predictive analyses）因果分析（casual analyses）...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-30
07-30
UCSC，基因组学人的专属浏览器
老规矩我们先上个链接https://genome.ucsc.edu/UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz于2000年7月创立的旨在通过它迅速而且可靠地浏览任何一部分基因组，并同时获得与该部分相关的基因注释信息，包含但不限于已知基因,预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，小鼠同源性等等此类基因组学...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
07-29
07-29
pyGenomeTracks——表观多组学个性化track可视化工具
在表观多组学联合分析中，我们经常会遇到想对某个区域可视化，每当看到高分文章里漂亮的tracks图，就羡慕不已。今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。接下来，就让我们一步步了解下如何实现的吧！pyGenomeTracks的使用方法很简单易懂，首先需要生成相... 阅 读 全 部 >
2022
07-26
07-26
MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输入：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa2.下载：Accession List「获得SRR_Acc_Lis...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
07-24
07-24
什么是siRNA转染？siRNA转染技术原理
RNA 代表核糖核酸和 siRNA——小干扰 RNA（也称为沉默 RNA）。siRNA 是分子中的一种短 (21-23 bp) 双链 RNA 核苷酸，在细胞中发挥各种生物系统的功能。siRNA转染是“转移”，将siRNA细胞内转移到细胞中，这是一个涉及基因沉默的过程。为了成功优化 siRNA 转染，需要合适的转染试剂和转染方法来进行体外和体内RNAi 实验。这些过程因细胞类型...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
07-22
07-22
12 个在终端运行的有趣的 Linux 命令
终端是一个非常强大的工具，它可能是 Unix 中最有趣的部分。在你可以使用的大量有用的命令和脚本中，有些似乎不太实用，如果不是完全没用的话。这里有一些很有趣的 Bash 命令，其中一些也很有用。让我们一起来看看。1、cal很少有人知道这一点，但任何 Unix 系统都带有内置日历。要访问它，您只需键入：linuxmi@linuxmi:~/www.linuxmi.c...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-21
07-21
基于RNA依赖性RNA聚合酶在宏基因组数据中分类RNA病毒
基于RNA依赖性RNA聚合酶在宏基因组数据中分类RNA病毒RdRp-based sensitive taxonomic classification of RNA viruses for metagenomic data作者：汤旭博，商家煜，孙燕妮*（通讯作者）摘要随着第二代测序技术的进步，病毒宏基因组测序已经成为发现新型病毒的主要来源。对宏基因组数据中的读数进行生物学分类，已经成为确定样本...... 阅 读 全 部 >
2022
07-19
07-19
本地BLAST安装与使用说明
一、软件下载以及安装1.进入NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/2.点击All Resources3.Downloads4.BLAST (Stand-alone)ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/5.根据电脑系统下载相应的安装包（*.exe）6....阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-16
07-16
5千字带你了解2021年联川全转录组生信内容大升级！
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
2022
07-15
07-15
转录组测序|mRNA-miRNA-lncRNA分析|心力衰竭研究|文献分享
by 老马上几期我们介绍了lncRNA的研究：1）什么鬼，lncRNA原来这么分析？2）实例解读|高分文章|lncRNA-miRNA作用于心脏肥大；3）实例解读| lncRNA在胃癌中的作用；4）最全长链非编码RNA数据库介绍（上）；5）GWAS+lncRNA是否能成为后基因组研究的宠儿？反映不错！大家对lncRNA的研究很感兴趣。这一期小编继续为大家分享一篇lncRNA+miRNA+m...阅读... 阅 读 全 部 >
