近年来，越来越多的研究表明，单一或者少数参考基因组不能涵盖整个种群全部的遗传信息，所以，构建物种的泛基因组成了当前基因组学研究的热点和前沿。本篇文章，小编和大家一起来了解一下泛基因组的构建方式、泛基因组的热点研究内容。一、泛基因组的构建策略泛基因组构建主要分为以下三种方式[1]：（1）选取一个参考基因组，各个材料的测序reads分别比对，将未比对上的reads进行组装，通过“比对-组装”的迭代过程... 阅 读 全 部 >
xftp中使用的是ASCII字符，所以一旦文件名中包含了非ASCII字符，就会出现文件名乱码的情况，本集就同大家分析一下出现此等错误时要怎么处理。问题现象：如果文件名中包含非ASCII字符则文件名就会出现乱码样式，例如：在Xshell中显现如下图1所示：图1：在xshell中文件名乱码在Xftp中的现象如下图2所示：图2：xftp文件名出现乱码现象在Xshell中有选项可以设置...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
很多同学会有疑问，为什么我看到很多大牛的视频里面敲代码的时候，输入一个template，就会出现一大块代码。为什么我输入一个template，只有这一个单词，啥也没出来别墨迹，快解决闲话不多说，我们就来聊一聊如何--懒省事（在VsCode里面设置自定义的模板）首先：我们要找到这个模板设置的入口在文件 - > 首选项 - > 用户代...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Visual Studio Code 是一款轻量级但功能强大的源代码编辑器，适用于 Windows、macOS 和 Linux。内置了对 Java、Type 和 Node.js 的支持，并为其他语言（例如 C++、C#、Java、Python、PHP、Go）并且提供了丰富的扩展生态系统。今天我将给大家介绍 VsCode 常用操作及非常棒的插件， 喜欢本文记得收藏、点赞、关注...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
gff3格式注释文件是最常见的基因注释，（https://archive.broadinstitute.org/annotation/argo/help/gff3.html）简单来说，gff3是以tab分隔的文本文件，共有9列，对应信息如下：1、seqname The name of the sequence. Typically a chromosome or a contig. Argo ..... 阅 读 全 部 >
先普及下一些常识：天河二号超级计算机 “天河二号”是由国防科学技术大学研制的超级计算机系统，以峰值计算速度每秒5.49亿亿次、持续计算速度每秒3.39亿亿次双精度浮点运算的优异性能位居榜首，成为全球最快超级计算机。2014年11月17日公布的全球超级计算机500强榜单中，中国“天河二号”以比第二名美国“泰坦”快近一倍的速度连续第四次获得冠军。2015年5月，“天河二...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
▌Dstat & sariostat, vmstat, ifstat 三合一的工具，用来查看系统性能。▌Slurm查看网络流量的一个工具▌Vim & emacs真正程序员的代码编辑器。▌Screen, dtach, tmux, byobu你是不是经常需要 SSH 或者 telent 远程登录到 Linux 服务器？你是不是经常为一些长时间运行的任务而...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
新中国成立以来已经开展了两次全国畜禽遗传资源调查，与前两次调查相比，第三次普查有以下五个特点。第一，区域全覆盖。凡是有畜禽和蜂、蚕遗传资源分布的区域实现全覆盖，将以前未覆盖到的青藏高原区域和边远山区作为重点，共计2300余个县（旗、区）。其中，青藏高原区域和边远山区最有可能发现新遗传资源，是这次普查的重点区域。第二，对象更明确。这次普查包括了列入《国家畜禽遗传资源目录》的猪、牛、羊、鸡、鸭...阅... 阅 读 全 部 >
前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
二十一世纪之初，在多国科学家的共同努力下，人类基因组草图被成功绘制。但让人们大吃一惊的是在人类基因组中能够编码蛋白质的基因只占整个人类基因组的不到2%，其余超过98%的人类基因组是做什么的还不清楚，有科学家把这些DNA叫做“垃圾DNA”，或基因组里的“暗物质”。为了解析这些所谓“垃圾DNA”的结构和功能，在2003年由美国人类基因组研究所(NHGRI)和欧洲生物信息研究所(EMBL)牵头，开展了E... 阅 读 全 部 >