通过KEGG、GO等经典富集分析，我们能够了解到阈值筛选出的差异基因参与的通路和具备的功能，以及哪些功能/通路对表型变化是可能起主导作用的。但在经典富集分析中，我们无法得知某条通路下差异基因的总体变化趋势，即富集到同一通路下的基因既又上调也有下调，那么这条通路的表现形式到底是被激活了呢？还是被抑制了呢?且设定的阈值可能也会卡掉一些在统计学意义上无显著差异但实则有着重要生物学意义的基因，导致重要通路... 阅 读 全 部 >
寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
前面已经讲述了R包用clusterProfiler做GO富集分析clusterProfiler的GO富集分析方法，本篇继续演示R包goseq的GO富集分析。相比clusterProfiler中的GO富集分析方法，goseq的特别之处在于，不再使用超几何分布（Hyper-geometric distribution）检验，而是使用了Wallenius non-central hype...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。1.点击文末“阅读全文”，获取DAVID在线数据库网址链接。打开后如下（部分）：2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下： 3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因：第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字；第二种方法是利用B：Choose ..... 阅 读 全 部 >
【Pheatmap 绘制多分组热图】热图作为实验数据分布情况的直观展示方法，已经成为高分文章的不错选择，它不仅可以对数据质量进行具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类。在R中有多个包均可绘制热图，今天小锐给大家介绍一个可以绘制多个分组热图的R包， libarary（pheatmap）。首先是准备工作install.packages("pheatmap")#安装R包library(ph...阅读全文... 阅 读 全 部 >
作者介绍：黄升，普兰金融数据分析师，从事数据分析相关工作，擅长R语言，热爱统计和挖掘建模。目录使用Logistic和NaiveBayes建模Score Card原理Naive Bayes评分卡Logistics评分卡前言信用评分是指根据客户的信用历史资料，利用一定的信用评分模型，得到不同等级的信用分...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
选自TowardsDataScience作者：Vihar Kurama参与：刘晓坤、许迪R 语言是结合了 S 编程语言的计算环境，可用于实现对数据的编程；它有很强大的数值分析工具，对于处理线性代数、微分方程和随机学的问题非常有用。通过一系列内建函数和库，你可以用 R 语言学习数据可视化，特别是它还有很多图形前端。本文将简单介绍 R 语言的编程基础，带你逐步实现第一个可视化案例。代码地址...阅读全... 阅 读 全 部 >
R语言中的列表与R语言中的向量、数组和矩阵不同，它的每个分量的数据类型可以是不同的。列表是对象的集合，可以包含向量、矩阵、数组，数据框，甚至是另外一个列表，且在列表中要求每一个成分都要有一个名称。列表中的对象又称为它的分量（components）。创建列表在R语言中可以使用list()函数来创建列表，其语法格式为：list(name1=object1, name...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
来源丨大数据文摘（ID：BigDataDigest）作者丨蒋宝尚、魏子敏《复仇者联盟4》终于上映，这部汇集了10年回忆打造的电影，据看过的小伙伴们表示：3小时剧情，毫无尿点，全程都是经典回忆。忙着工作还没来得及看电影，又超怕被剧透的文摘菌这两天的状态基本是这样阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
标准地图象征着国家主权和领土完整。作为非地理信息专业但又要在研究过程中涉及地图绘制的政治学专业学生，我们 必须在绘制中国地图并用作公开学术发表/出版时格外注意。诚然与需要付费才能使用的地理信息软件ArcGIS相比，免费、开源的R软件结合相对强大的tidyverse和sf等包在处理一些地理信息数据的可视化时可以不落下风，但是由于现有可供R软件读取的很多地图json/shp文件都由外国作者创作，...... 阅 读 全 部 >