热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至 CNS 顶刊，下至1到 2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服 editor和reviewer 的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。什么是热图...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
一、标准化在进行数据分析时，数据具有单位是非常常见的，比如说GDP可以以亿作为单元，也可以以百万作为单位，那么此时就会出现由于单位问题导致的数字大小问题；这种情况对于分析可能产生影响，因此需要对其进行处理，但是处理的前提是不能失去数字的相对意义，即之前数字越大代表GDP越高，处理后的数据也不能失去这个特性。也或者计算距离，数字1和2的距离可以直接相减得到距离值为1； 另外一组数...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
这一周R语言学习，记录如下。01多图排列组合patchwork包可以实现多图排列组合，并且功能强大、操作灵活。# 多图排列组合library(tidyverse)library(patchwork)theme_set(theme_light)dat <- palmerpenguins::penguins %>% filter(!is.na(sex)...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
从另一个视角看 R 语言的“方言” Tidyverse，以及 RStudio 对 Tidyverse 的提倡。作者简介作者 Norm Matloff 为 UC Davis 计算机科学教授（曾任 UCD 统计学教授）。中文翻译及投稿至 COS 经过作者 同意 [1] 。文中的“我”为作者视角，但译文中存在的任何不妥之处当然很可能是由译者引入的，还望读者不吝 赐教 [2] 。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者：黄天元，复旦大学博士在读，目前研究涉及文本挖掘、社交网络分析和机器学习等。希望与大家分享学习经验，推广并加深R语言在业界的应用。邮箱：[email protected]关于提取关键词的方法，除了TF-IDF算法，比较有名的还有TextRank算法。它是基于PageRank衍生出来的自然语言处理算法，是一种基于图论的排序算法，以文本的相似度作为边的权重，迭代计算每个文本的TextRa... 阅 读 全 部 >
今天就跟大家分享一篇 巨简单的生信分析 + 巨简单的实验发 7+ 的非肿瘤研究生信文章，看完直呼：我也行！ 文章题目：Identification and Clinical Validation of Key Extracellular Proteins as the Potential Biomarkers in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosi...阅... 阅 读 全 部 >
蛋白质互作网络是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。那么如何分析蛋白质互作网络？如何发现复杂网络的关键蛋白和子网络？如何使用马尔科夫（MCL）... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲基于m6A调节因子的signature可以区分头颈部鳞状细胞癌患者的预后。背景介绍今天小编为大家带来一篇经典的m6A调节因子相关基因作为signature进行分型预后的文章。这篇文章2022年2月刚刚发表在 Front Immunol （实时影响因子8分+），说明今年m6A依然是热点。 数据介绍本文使用TCGA-HNSCC数据（https://xenabrowser.n...阅读... 阅 读 全 部 >
生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >