全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
by 老马上几期我们介绍了lncRNA的研究：1）什么鬼，lncRNA原来这么分析？2）实例解读|高分文章|lncRNA-miRNA作用于心脏肥大；3）实例解读| lncRNA在胃癌中的作用；4）最全长链非编码RNA数据库介绍（上）；5）GWAS+lncRNA是否能成为后基因组研究的宠儿？反映不错！大家对lncRNA的研究很感兴趣。这一期小编继续为大家分享一篇lncRNA+miRNA+m...阅读... 阅 读 全 部 >
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解，一个基因越长，测序深度越高，落在其内部的read counts数目就会相对越多。当我们进行基因差异表达的分析时，往往是在多个样本中比较不同基因的表达量，如果不进行数据标准...阅读全... 阅 读 全 部 >
Pfam: the protein families database11.501Nucleic Acids Res . 2014 Jan;42(Database issue):D222-30. doi: 10.1093/nar/gkt1223. Epub 2013 Nov 27.Abstract Pfam, available via servers in the UK (http:/... 阅... 阅 读 全 部 >
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物中。它...阅读... 阅 读 全 部 >
已经陆续为大家介绍了ceRNA研究的建库方法（文章：），还有ceRNA之间的调控关系（文章：），这篇就来总结一下miRNA、 lncRNA、circRNA鉴定及靶向关系预测常用的分析工具。 miRNA鉴定去除低质量的数据，得到clean data后，还需要和Genebank、Rfam等数据库比对去除rRNA，scRNA，snoRNA，snRNA，tRNA等其它小RNA的tags，最后再进行mi..... 阅 读 全 部 >
相信不少小伙伴都遇到过这样的疑惑：收到一份转录组测序结果，辛辛苦苦查找文献，挖掘关键基因信息，眼看一篇高大上的文章即将诞生，却卡在了进行qPCR验证这最后一步：我关注的RNA序列在哪里？没有序列信息我要怎么设计引物做荧光定量PCR呢？莫慌，我们整理了派森诺各种常规转录测序产品的RNA序列信息，下面就一起来看看吧！1、 有参转录组有参考基因组的转录组项目在进行分析时，我们是...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
1.非编码RNA简介非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24nt)、长非编码lncRNA(>200nt)、核糖体RNA、核小RNA、核仁小RNA等等。随着人们认知的逐渐深入，发现这些非编码RNA在转录调控上发挥着重要的作用，并且其他部分同样具有编码...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >