来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
1.非编码RNA简介非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24nt)、长非编码lncRNA(>200nt)、核糖体RNA、核小RNA、核仁小RNA等等。随着人们认知的逐渐深入，发现这些非编码RNA在转录调控上发挥着重要的作用，并且其他部分同样具有编码...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，small RNA，non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今， RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析，与标准RNA-seq 类似，靶向富集方法可用于评...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
当当当当，基迪奥有参转录组升级啦，升级的部分从最开始的比对参考基因组，到最实用的差异分析和富集分析都有。想要了解转录组分析点的朋友们，赶紧看过来吧~首先，来看一下我们的分析流程，由于动植物的非模式生物与人大小鼠的模式生物的基因组、研究侧重点不一样，因此我们将报告拆分成了农学和医学的报告。基于非模式生物的基因组不够完整的特点，我们会进行新基因鉴定和基因结构优化的分析；而由于人大小鼠的基因组非常的完善... 阅 读 全 部 >
又快到年底了，科研工作者们又要开始各种基金申请的写作了。本人之前非常幸运的中过中国博士后科学基金面上一等资助。借此机会，今天就和大家聊聊博士后基金的那些事。可能有一些人还不知道什么是博士后基金？这里我们首先给大家科普一下博士后基金的来由。话说那是1984年10月7日，李政道先生在北京电子对撞机开工奠基仪式上向邓小平同志建议在中国设立博士后制度的同时，设立博士后科学基金，将财政部一次...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
您的小可爱上线啦！“长链非编码RNA研究进展周刊”的专题连载如期更新，小编今日为大家更新第15期lncRNA研究进展周刊，走过路过不容错过！公告通知非编码RNA（ncRNA）是一组缺乏蛋白编码的内源RNA，分为小RNA和长链非编码RNA（lncRNA）。之前的研究多关注蛋白编码基因，对ncRNA功能知之甚少，甚至称其为转录“噪音”。然而，近年来的研究发现，ncRNA在多个生物学过程中起着...阅读... 阅 读 全 部 >
参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input参数简介StringTie的基本用法： stringtie <aligned_reads.bam> [options]*其中，aligned_reads.bam 是输入文件，该输入文件要求必须按其基因组位置排序，如TopHat...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
当你在做数据总结分析，或者科研调查分析，甚至季度年度总结汇报，需要查看数据的分布情况以及是否有异常情况来形成结论辅助进一步分析时，那么哪种图表能够清晰直观地展现出这一信息呢？答案只有一个，那就是...箱线图！什么是箱线图箱线图，又名为盒须图，盒式图，通常用于展示一组数据的分布情况，因为主题形状像一个箱子，所以得名箱线图。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >