10X Genomics测得的单细胞数据是包含细胞及其表达量在内的高维数据，无论是PCA还是tSNE都是纯数学的数据降维方式，以此得到的细胞分群不具有生物学意义，故而我们通常需要赋予细胞分群以生物学含义即完成细胞亚群到细胞亚型的映射。在这一过程中，我们需要解决两个问题：（1）已知细胞亚型的鉴定，如外周血样品中鉴定红细胞、单核细胞等对应哪些细胞亚群；（2）未知细胞亚群或罕见细胞亚型的鉴定，如肝脏样品... 阅 读 全 部 >
这一周R语言学习，记录如下。01行去重操作在一个实际数据项目，获取数据后，发现数据的行（样本）有重复，需要把重复行删除掉。dplyr包distinct函数，可以做行去重。# dplyr包library(dplyr)data <- data.frame(Column1 = c( 'P1', 'P1', 'P2', 'P3', 'P1'...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1 什么是整洁数据？2 tidyverse怎么使用？tidyverse是由RStudio首席科学家Hadley Wickham开发的R套装的集合。 这些包作为大数据分析管道的一部分可以很好地协同工作。要了解这些工具及其协同工作的更多信息，请阅读R for data science。 对于R的新手，请查看我之前的Storybench教程：RStudio笔记本中的R入门。以下教程将介绍...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
发表期刊：Microbiome (IF=14.652)发表时间：2022.2合作单位：南京农业大学样本类型：土壤DOI: 10.1186/s40168-022-01236-9研究背景在土壤微生物中，植物生长促进细菌 (PGPB) 是工程微生物组应用于农业的重要环节，包括改善生物控制和植物生长，PGPB 可以加强植物的养分吸收或调节植物激素水平，或通过抑制各种病原体和增强免...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
前言条形图专用于离散变量和数值变量之间的可视化展现，其通过柱子的高低，直观地比较离散变量各水平之间的差异，它被广泛地应用于工业界和学术界。在R语言的ggplot2包中，读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢？又见过哪些种类的条形图呢？在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。ggplot2的语法讲解如果读者对...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：路遥马亡R语言中文社区专栏作者知乎ID：https://zhuanlan.zhihu.com/c_13540979700布局参数先介绍一个布局参数：#par(mfrow=c(a,b)) #表示在PLOTS区域显示a行b列张图 par(mfrow=c(3,1)) x <- rnorm(100) y <- rnorm(100) plot(x, y, xlim=c(-5,5),...阅... 阅 读 全 部 >
这一周R语言学习，记录如下。01添加文本标签信息可视化时，通过文本标签对图形做标注，让图形更有效表达信息。以ggplot2包的条形图为例，使用geom_text()函数给条形图添加文本标签。library(ggplot2)set.seed( 123)data<- data.frame(x = sample(LETTERS[ 1: 6], 300, re...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域，教育，银行，电商，互联网…都在使用R语言。要成为有理想的极客，我们不能停留在语法上，要掌握牢固的数学，概率，统计知识，同时还要有创新精神，把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧，开始R的极客...阅... 阅 读 全 部 >
在前面的推文中，我给大家介绍了绘制条形图时常见的几种误区，以及如何避免误区，以提升条形图“逼格”的方法，权当抛砖引玉了。上期推文链接：今天将给大家继续介绍条形图，希望大家能够通过我的介绍，获得一些启发。条形图最常规的用途是展示变量的频数分布。条形图虽然看着呆板，但它也有几个“兄弟姐妹”，即我们可以使用其他形式的图形来展示条形图中相同的信息！这句话说起来很简单，但是在实际操作过程中，大家还是需要根据... 阅 读 全 部 >
2021年第39周。这一周R语言学习，记录如下。01Modern Statistics with R 一本在线开放书籍，介绍R语言做数据整理和探索，以及推断和预测的工作。访问网址：http://www.modernstatisticswithr.com/02R4DS书籍最近，我在重温R4DS这本书籍。你所想的数据科学是什么？实际...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >