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2023
06-17

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

群体遗传进化必备小知识

群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。其应用数学和统计学方法研究群体中基因频率和基因型频率以及影响这些频率的选择效应和突变作用，研究迁移和遗传漂变等与遗传结构的关系，由此探讨进化的机制。今天小编与大家沟通学习总结一下群体进化的15个小知识。01群体：是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

【Science/Cell Sys】背靠多组学大数据 科学家设计更加“智能”的细胞疗法

导言：寻找既能杀死癌细胞又能使正常组织毫发无损的疗法是肿瘤学研究的“圣杯”。近年来，虽然细胞免疫治疗取得了长足的发展，然而实现对癌细胞的精准靶向仍然具有挑战性。近期，在两篇新的论文中，加州大学旧金山分校和普林斯顿大学的科学家们提出了一些互补的策略，用“智能”细胞疗法来解决这一问题。在9月23日发表于的《Cell System》的论文中，研究人员利用机器学习算法，分析了癌细胞和正常细胞中数...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

热点综述 | 基于人工智能的多组学分析助力癌症精准医学研究

AI & 癌症研究多组学技术和人工智能算法的同步发展推动了癌症精确医学的发展。2023年1月《 Seminars in Cancer Biology 》发表了一篇综述文章， 全面总结了基于人工智能的多组学肿瘤分析的最新进展，重点介绍了基于人工智能的多组学技术在癌症诊断、分类、早期筛查、反应评估和预后预测方面的应用。多组学技术随着高通量生物技术的发展，已经开发了多种组学技术来表征不...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

Nature重磅综述 | 利用组学大数据评估人的生物学年龄

机器学习的兴起为大数据时代掀起新的浪潮。机器学习是人工智能的一个子集，通过泛型算法从数据集中发现模式和相关性并建立逻辑，并根据数据分析结果做出最佳决策和预测。目前机器学习已大量应用于各行各业，助力各产业或科学研究的深度提升。美国加州斯坦福大学的Tony Wyss-Coray团队于2022年6月在Nature Reviews Genetics上发表的一篇名为“Measuring biolo...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

R语言学习笔记之热图绘制

作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

So easy！给你的聚类热图添加GO词云！

往期我们学习过一个表达趋势折线图+模块热图+GO富集注释的组合类图表绘制，详情可戳：《炫一个模块热图+GO功能富集组合图展示空间功能特征！》 ，后期图表美化主要使用AI完成，如下图。这两天看到另一个比较有意思的R包ClusterGVis，可以同时完成聚类+富集，并生成发表级的组合图表，效果如下。非常方便省事，适合懒人。下面就来学习一番！#相关R包下载与载入：devtools::install_gi... 阅 读 全 部 >
2023
06-16

热图也开始“内卷”——环形热图如何绘制？

正常情况下，我们绘制的常规热图都是直直的，这样更便于我们进行数据的展示和阅读；但上周收到小伙伴的问题：能不能把热图“卷”起来，绘制环状的热图？当然也是可以的，我们先看几个文献中的案例：（ BMC Genomics ，2018） （ Microbial Biotechnology , 2017） （ Cell ，2021） 环状热图我们也经常会在论文中看到，用法和热图相同，但更适合于需要展示较多基因... 阅 读 全 部 >
2023
06-16

干货分享 | R语言栅格时间序列回归分析——整体和逐像元计算，并行计算，快到飞起！

R语言栅格时间序列回归分析——整体和逐像元计算，并行计算前面给大家分享了 2001-2020年1km分辨率中国降水量数据 ，有同学问如何做回归分析，接下来以一元线性回归举例，从整体上和逐像元两种方法来计算。使用的R语言程序包terra 包，栅格计算，支持并行计算tidyverse 包，R语言数据处理可视化必备，内含 ggplot2ggpmis...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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