在单细胞样本制备过程中，新鲜组织经历解离-离心-重悬-过滤-质控（计数和活率）-上机等步骤。这一过程具有破坏性，根据裂解后的细胞释放出的mRNA反转录成的cDNA进行测序，不可避免地导致 失去了不同细胞之间的空间位置信息和细胞分化情况。单细胞轨迹分析应运而生，轨迹分析可以通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程，帮助人们从单细胞水平推断细胞之间的演化及分化过程。简单来讲 细胞轨迹...... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦根据各位小伙伴的私聊以及前几期推文的阅读量来看，可能Python并不能并不是十分契合现阶段小伙伴的需求，而且也有小伙伴私信晨曦，希望晨曦可以再更新一些单细胞相关的分析内容，说自己常规的细胞轨迹分析、细胞通讯分析以及转录因子分析已经不能满足自己的需求了~那么好，晨曦接下来会更新一些单细胞新出的高阶分析，争取做一个单细胞高阶分析“百科全书”，也希望各位小伙伴如果觉得内容不错，也欢... 阅 读 全 部 >
虽然单细胞转录组测序记录的是细胞在某一个瞬时的状态，但是我们可以基于大量单细胞转录组数据的轨迹推断出细胞的动态变化过程，包括分化、成熟、对刺激的反应和细胞周期。目前，主要有两种细胞轨迹分析的方法：拟时序分析（pseudotime analysis）和 RNA速度分析（RNA velocity）。拟时序分析根据细胞表达模式的相似性将细胞按轨迹进行排列；RNA速度分析利用未拼接和拼接转录...阅读全文... 阅 读 全 部 >
转录因子HY5（ELONGATED HYPOCOTYL5）是基本亮氨酸拉链类（basic leucine zipper，bZIP）转录因子类的转录因子，最早是在拟南芥中克隆得到[1]。HY5编码的蛋白为光敏色素下游的核心光信号调节因子，在光信号通路中具有十分重要的作用，HY5的C末端具有特殊的bZIP结构域，能够直接与基因启动子作用元件G-box（CACGTG）相结合，从而能调控基因的表达它能通过... 阅 读 全 部 >
当归Angelica sinensis (Oliv.) Diels为伞形科多年生草本植物，干燥根是我国传统中药材，素有“十方九归”之称，具有补血活血、调经止痛、润肠通便等功效[1]。现代药理学研究表明，当归根中的有机酸类、挥发油类和多糖类等化学成分在消炎、抗癌和治疗心脑血管疾病等方面具有显著效果[2]。目前，当归年需求量超3万t，年种植面积达4.35万hm 2[3-4]。然而，当归在第2年肉质根成... 阅 读 全 部 >
从小白的角度，一刻钟复现生信套路各位小伙伴大家好，这里是美丽专栏。前面两期，我们复现了两篇非肿瘤生信文献，今天，我们继续开展非肿瘤文章的复现。话不多说，开始今天的复现之旅吧。往期传送门 TCGA+GEO单基因生信SCI，15分钟手把手带你复现（内附详细操作教程）最简配的2区生信SCI长啥样？360度无死角让你彻底搞懂，复现！思路原理都在这里了！建议收藏！（附详细操作过程） 别不信！近...阅读全文... 阅 读 全 部 >
今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >
对于生物学领域的研究生来说，很多时候我们研究一个通路，或者想要知道两个基因或者多基因间的相互作用以及蛋白质之间的相互作用，该从哪下手呢？下面我想详细的介绍一个基因间相互作用的预测网站—GeneMANIA，网址： http://genemania.org。首先看 Help 里对 GeneMANIA 的简介：GeneMANIA searches many large, public...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
简洁、明了、好用之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA、蛋白质、DNA和化合物相互作用的好用网站，今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库。该数据库用于生成有关基因功能的假设、分析基因列表和为功能分析确定基因的优先级。给定一个查询基因列表，GeneMANIA使用大量的基因组学和蛋白质组学数据发现功能相似的基因。在这种模式下，它根据查询的预测值对每个功能基因组数据集进行加权。GeneMANIA的另一个... 阅 读 全 部 >
Cellranger 软件是 10X genomics 官方提供的配套分析软件，可以直接输入Illumina 原始数据（raw base call ，BCL)输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类（Graph-based& K-Means）以及可视化（t-SNE）结果，结合配套的Loupe Cell Browser给予研究者更多探索单细胞数据的机会。cellrange...阅读全文>... 阅 读 全 部 >