前言2020 年 8 月 27 日，欧易生物与中南大学基础医学院法医系主任郭亚东课题组合作项目，以题为“Chromosome‐level de novo genome assembly of Sarcophaga peregrina provides insights into the evolutionary adaptation of flesh flies”发表在 Molecu...阅读全文... 阅 读 全 部 >
研究背景担子菌在木材分解方面具有重要的意义,大部分能够降解木材的物种都属于担子菌。白腐菌是属于担子菌亚门的真菌 ，因腐朽木材呈白色而得名。白腐菌是生物界中一类奇特的丝状真菌，是能够降解木材主要成分(纤维素、木质素和半纤维素)的微生物之一 ，它们对各种异生物质具有独特降解能力和降解机制。白腐菌对木质纤维素的降解很大程度上是一个复杂的酶学过程，需要一系列的水解和氧化酶的协同作用来完成，而且不同的白腐菌... 阅 读 全 部 >
经过软阈值确定，TOM矩阵计算，层次聚类和动态切割后，我们获得了一些基因模块，每个模块里面都可以看成是有共同目的的团伙。为了方便后面纷至沓来的相关性分析，尤其是跟性状的联合分析，现在需要选取出每个模块中的代表人物。这个过程就是寻找每个模块的eigengene(读音: 爱根金)这样，模块信息就变成了，行是eigengene，列是样本的矩阵了，十分简化。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
撰写：生信小师妹 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #miRNA#自从1993年发现第一个miRNA以来，miRNA相关文章已经发表了15W+，且研究思路主要是基于miRNA的经典机制（详见正文——大多数人看到的miRNA），以至于持续研究20多年后，miRNA已然成了过气明星。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
背景知识：哺乳动物的三维（3D）组织基因组在基因调控中起到重要作用，如增强子对靶基因具有很强的调控作用，拓扑关联域(TADs)是哺乳动物基因组组织的基本单位。Hi-C, ChIA-PET, Capture-C, Capture Hi-C, PLAC-Seq and HiChIP等染色体构象捕获技术的出现，使基因组空间组织的研究越来越得到重视。因此大量的染色体互作数据不断增加，如何高效快速的...阅... 阅 读 全 部 >
Hi-C分析很难吗？生信小白不会写脚本能自己分析吗？当然可以的，今天小编分享了安诺基因Hi–C分析百宝箱里的大宝贝-数据库WashU Epigenome Browser，今天要推荐给大家，让你轻松搞定Hi–C多组学联合分析。这是小编用过最赞的浏览器，没有之一哦，省时省力还省钱！年底将至，如果你的数据还没分析完，快来试试小编今天要推荐的这个神奇的网站吧~WashU EpiGe...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
想验证miRNA和靶基因的靶向互作？想知道转录因子与启动子的调控机制？想研究启动子的结构？想分析转录因子的转录激活……这些统统可以用双荧光素酶报告基因检测实验来实现，是不是很强大！那么如此强大的实验你了解多少呢？这么多的应用你会不会一脸懵呢？双荧光素酶报告基因到底是个啥“玩意儿”可以进行做这么多的实验？这些问题想要找到答案就跟着小远的文章往下看吧！原理简介荧光素酶（Luc...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
荧光素酶因为具有灵敏度高、检测快速、方便等特点而被广泛开发应用。萤光素酶是理想的报告基因，哺乳动物细胞中不含内源性萤光素酶，且其一转录完成立刻就生成功能性的萤光素酶。荧光素酶(Luciferase)报告系统是指以荧光素(luciferin)为底物来检测萤火虫荧光素酶活性的一种报告系统。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中...阅读全文&... 阅 读 全 部 >