提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
识图：先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，来自于自己对数据的认识，或来自于文章作者的描述），然后看 横轴代表什么 、 纵轴代表什么 ，再看图例中展示的其他信息如颜色、大小和形状分别代表什么。这些都理顺了，图理解就不难了。来源：https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterpl...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
原文链接：http://tecdat.cn/?p=8032可以直接从R / RStudio制作在线交互式图表和地图。配置启动RStudio，创建一个新的RScript，然后将工作目录设置为下载的数据文件夹。使ggplot2图表成为交互式Plotly图表制作交互式 点线图以下代码将安装并加载程序包（该程序还将自动加载ggplot2），加载readr和dplyr，然...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
R（又称R语言）是一款开源的跨平台的数值统计和数值图形化展现工具。通俗点说，R是用来做统计和画图的。R拥有自己的脚本语言和大量的统计、图形库（得益于开源社区），这让她看起来既美又实用。与其他同类软件（如 SPSS）相比，R的特点是纯命令行的，这倒也好，我们更应该把注意力放在数据本身，而非统计工具的UI。R虽说有一套自己的语言，还挺完备，但它最专业的还是做统计和画图，而像连接数据库、文本处...阅读... 阅 读 全 部 >
封面来源于：Pixabay+易生信生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 ）、ChIP-seq分析 （）、单细胞测序分析 ()、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（） 、 批次效应处理 等内容 。所以关注火山图（其它类型图也是），先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，更准确的是看作者的描述），然后...阅读... 阅 读 全 部 >
火山图（volcano plot）常用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05，差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢？首先需要知道，火山图的横坐标通常用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
什么是火山图？火山图（Volcano plot）——顾名思义，因其绘制后图形的效果酷似火山而命名。用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性一般用T-Test的P值衡量，差异性常用Fold Change值作为筛选标准。如何看懂火山图？每个人在使用火山图时的需要可能不一样，绘制出来的效果就不一样。小编汇总了部分火山图的展示效果，给大家一些参考~看到这些火山图，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
韦恩图(Venn diagram)，也叫维恩图、文氏图、温氏图等。即数学中的集合。目前韦恩图软件眼花缭乱，但选择一款适合自己的并非易事，毕竟要求和眼界也是越来越高，面对各式各样的R包，想找出符合自己要求的图更是难以抉择。本文主要介绍12个R语言中的韦恩图软件绘制，让您绘制心目中的韦恩图不再困难。1vennnetwork韦恩网络图点评：该包暂时未开源，为百迈客云研发独有。韦恩网络图对每个交集均得到.... 阅 读 全 部 >