文章链接：https://www.listendata.com/2016/08/dplyr-tutorial.htmldplyr软件包是R中功能最强大，最受欢迎的软件包之一。该软件包由最受欢迎的R程序员HadleyWickham编写，他编写了许多有用的R软件包，如ggplot2，tidyr等。本文包括一些示例和如何使用使用dplyr软件包来清理和转换数据。这是一个关于数据操作和数据处理的完整教..... 阅 读 全 部 >
作者：Carson 数据分析师，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/carson-0814数据源：朝阳医院2016年销售数据分析指标：1、月均消费次数；2、月均消费金额；3、客单价；4、消费趋势打开excel数据源，数据的基本字段如下：一、将excel数据源导入R中二、对数据进行预处理“数据是一件麻烦的事——一件非常非常麻烦的事。”，数据分析工作... 阅 读 全 部 >
RNA长度分布图是描述小RNA测序结果概述的重要部分，我们以文献“Characterization of mouse serum exosomal small RNA content: The origins and their roles in modulating inflammatory response”为例，绘制RNA长度分布条形图。1 准备数据准备数据需要包括...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者：James D. Miller;翻译：王雨桐;校对：万文菁本文约5300字，建议阅读10+分钟。本文将介绍数据清洗过程的主要步骤，并通过案例和代码演示如何利用R语言进行数据清洗。R是进行运算、清洗、汇总及生成概率统计等数据处理的一个绝佳选择。此外，由于它独立于平台、短期内不会消失，所以生成的程序可以在任何地方运行。并且，它具备非常棒的辅助资源。本文摘录自James D.Miller撰写...... 阅 读 全 部 >
第五天 R语言对象的操作总结R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
大家好，我是Leopard。大家在处理生物信息数据，比如RNA-seq数据、芯片数据，或者从TCGA数据库下载的数据时，都会遇到各种各样的ID！这些ID就像是我们每个人的身份证，用于对基因进行标识。由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。Entrze ID... 阅 读 全 部 >
WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
WGCNA分析，是加权基因共表达网络分析。在文献中，我们经常能够看到这样的WGCNA分析图。例如文献“Expression profiles of circRNAs and the potential diagnostic value of serum circMARK3 in human acute Stanford type A aortic dissection”中的Figur...阅读全文... 阅 读 全 部 >
今天分享的是使用CAMERA对代谢物加和峰进行注释。下面我们就来介绍一下具体方法。操作步骤#载入R包library(CAMERA)#单个样品file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA") xs <- xcmsSet(file,method="centWave",ppm=30,peakw...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >