各位医学方的朋友，大家好，我是Flyman，今天给大家分享一篇WGCNA的文章，WGCNA不可否认在样本数目较多的情况下，应用越来越多，特别是基于WGCNA进行biomarker筛选，这篇文章是17年发表在Experimental Eye Research（（IF：3.152）杂志上。今天，我们主要从数据集的搜集与前处理、网络构建、模块识别、功能富集以及hub基因挑选5个方面来解读这篇文章。0..... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
原文链接：http://tecdat.cn/?p=8032可以直接从R / RStudio制作在线交互式图表和地图。配置启动RStudio，创建一个新的RScript，然后将工作目录设置为下载的数据文件夹。使ggplot2图表成为交互式Plotly图表制作交互式 点线图以下代码将安装并加载程序包（该程序还将自动加载ggplot2），加载readr和dplyr，然...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
基因芯片(Gene chip)（又称DNA芯片、生物芯片）最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >
前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
1.进化树1.0版本上一期已经给大家介绍根据基因或者蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列，然后将序列导入MEGA软件中进行比对，最后生成.meg的序列比对文件。那么用这个文件是不是就能构建进化树呢，当然可以。方法也很简单，单击菜单【File】→【Open A File/Session】，打开上述.meg文件，点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【C...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
数据结构的塑造是数据可视化前重要的一环，虽说本公众号重心在于数据可视化，可是涉及到一些至关重要的数据整合技巧，还是有必要跟大家分享一下的。在可视化前的数据处理技巧中，导入导出、长宽转换已经跟大家详细的介绍过了。今天跟大大家分享数据集的合并与追加，并且这里根据所依赖函数的处理效率，给出诺干套解决方案。数据合并操作涉及以下几个问题：横向合并；1. 是否需要匹配字段1.1 匹配字段合并 1.1.1 主字... 阅 读 全 部 >
dplyr软件包是R中功能最强大，最受欢迎的软件包之一。该软件包由最受欢迎的R程序员Hadley Wickham编写，他编写了许多有用的R软件包，如ggplot2，tidyr等。本文包括一些示例和如何使用使用dplyr软件包来清理和转换数据。这是一个关于数据操作和数据处理的完整教程。什么是dplyr？dplyr是一个强大的R软件包，用于处理，清理和汇总非结构化数据。简而言之，它...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
引言网上的数据和信息无穷无尽，如今人人都用百度谷歌来作为获取知识，了解新鲜事物的首要信息源。所有的这些网上的信息都是直接可得的，而为了满足日益增长的数据需求，我坚信网络数据爬取已经是每个数据科学家的必备技能了。在本文的帮助下，你将会突破网络爬虫的技术壁垒，实现从不会到会。大部分网上呈现的信息都是以非结构化的格式存储（html）且不提供直接的下载链接，因此，我们需要学习一些知识和...阅读全文>... 阅 读 全 部 >