Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？掌握基本的语法，熟... 阅 读 全 部 >
对于可视化呈现来说，一个图表呈现的数据信息是有限的，更多时候，我们需要呈现的是多角度多维度的数据信息。这时候，就需要用在同一个版面上容纳多副相关的图表形成一个版面的可视化报告，今天是网易数独的一个数据报告，使用ggplot还原了（其中用到的国旗出现了点儿小bug，至今没有解决，有知情的的大神还望赐教！）library("tidyverse")library("scales")library...阅... 阅 读 全 部 >
2020年4分+甲基化生信文章复现领悟生信文章逻辑之美，小伙伴们大家好呀，我是风间琉璃。上一周我们品读了2020年10月发表在《Frontiers in oncology》杂志上的文章“ A Novel Promoter CpG-Based Signature for Long-Term Survival Prediction of Breast Cancer Patients”。作者使用CHAM... 阅 读 全 部 >
众所周知，单细胞测序已然是发表高分文章的利器，几乎每天都有不止一篇单细胞文章发表。目前，单细胞技术已经广泛应用于肿瘤，免疫，发育生物学，神经科学，细胞治疗，药物研发及动植物研究中。看着别人的单细胞文章发发发不停，不知您是否也心痒痒？其实要想开展单细胞研究并不难，今天小编就先带您了解一下最常见的单细胞转录组测序的基本流程，希望您也能尽快的开展起单细胞实验哦！送样要求迄今为止，研究的样...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和界面工具（Windows版）。今天，为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？单细胞转录组数据分析大套路分析点与工具实现单细胞数据分析工具列表：https://w...... 阅 读 全 部 >
新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
我们在NCBI、TCGA、GEO等数据库下载数据时，经常遇到controlled access（限制下载）的数据，不知道怎么弄，有时选择其他可以下载的数据代替，或者直接放弃了。其实这些数据库都是需要通过dbGaP申请下载权限的。这里就以NCBI为例给大家介绍一下dbGaP数据权限申请过程，以及数据下载解密时要注意的地方。Step1：获取账号dbgap账号需要NCI/NIH...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
写在前面在研究一个lncRNA之前，我们都要先去查看这个lncRNA可能的相关的功能。比如要查看这个lncRNA的表达、查看其相互作用的miRNA或者需要去查看调控这个lncRNA的转录因子。对于不同的需求需要使用不同的数据库。今天就来介绍一个一站式查询lncRNA相关功能的数据库: AnnoLnc2(http://annolnc.gao-lab.org/)。imag...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
上一篇文章《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化》主要以TCGA-LUAD为例介绍突变数据和临床数据的下载、处理以及简单的可视化。这篇文章更详细介绍可以利用maftools对肿瘤MAF格式的突变数据做哪些分析。还和上篇一样，先用maftools把数据读入具体的数据下载和处理方法这里就不再赘述了，请移步上篇文章：《肿瘤变异数据分析和可视化工具m...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
本文接上次的内容：《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》，本文以TCGA肺腺癌（LUAD）的数据为例介绍突变数据下载和可视化。数据下载和处理在TCGA官网下载TCGA-LUAD项目中mutect2输出的MAF格式的突变以及临床信息：$ ls -lhrttotal 50M-rw-r--r-- 1 xiaofei xiaofei 50M M...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >