单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一个新兴的测序技术，通过解析组织中单个细胞的基因表达水平，来研究细胞胞间异质性、区分细胞类型和亚型、识别细胞类型特异性基因及揭示细胞动态过程等。百迈客利用10X Genomics官方软件CellRanger进行数据比对、基因定量以及细胞鉴定。同时cellranger还基于鉴定的细胞进行了细胞亚群分析以及差异表达基因分析。根据cellran...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。预备知识1：转录本是什么？转录组测序的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下，用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。基...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
韦恩图(Venn diagram)，也叫维恩图、文氏图、温氏图等。即数学中的集合。目前韦恩图软件眼花缭乱，但选择一款适合自己的并非易事，毕竟要求和眼界也是越来越高，面对各式各样的R包，想找出符合自己要求的图更是难以抉择。本文主要介绍12个R语言中的韦恩图软件绘制，让您绘制心目中的韦恩图不再困难。1vennnetwork韦恩网络图点评：该包暂时未开源，为百迈客云研发独有。韦恩网络图对每个交集均得到.... 阅 读 全 部 >
一般做完RNA的差异表达分析后，会有一堆的结果与数据。那么，怎么样让你的分析结果在paper中以更加直观形象（好看炫酷）的方式展示出来呢？前面我们已经出过【画图专题】史上最详细画热图函数pheatmap()参数讲解。下面小编介绍另外一种展示方式：火山图（Volcano Plot）。首先，我们要注意两个重要概念：FDR（False Discovery Rate）在差异表达分析过程中，采用统计学方法对... 阅 读 全 部 >
基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。DESeq2已经在前面文章中作了简介，本篇继续展示R包edgeR的差异基因分析流程。类似DESeq2，edgeR作为被广泛使用的R包，文献中经常能看到它的身影，如下举例。相关文献描述1 安装edgeRe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
基因芯片(Gene chip)（又称DNA芯片、生物芯片）最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >
这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中，有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了，花儿开了，今天福利也到了，我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总，各位老师可以按需自取哈。1．如何判定生物学重复一致性的高低？生物学重复统计方法及公式答：（1）皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
随着测序成本的不断下降，转录组实验已成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。为此组学大讲堂的小编总结了20个转录组实验的常用知识点，希望对大家有所帮助。Question and Answer1、什么是转录组测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序... 阅 读 全 部 >
转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ，在我们突破第一关，做好样本关系分析后，这时在转录组测序获得的茫茫基因中，该如何找到心仪的目标基因呢？毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因，而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因，这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点，如为什么是基于负二项分布？以及进行差..... 阅 读 全 部 >