一个优质的测序结果，除了倚仗技术娴熟的实验人员和稳定的测序仪器，更重要的是要有一款集能力和才华于一身的质控软件。高通量测序下机的原始数据rawreads中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。今天，小奥要给大家介绍的就是数据质控界的宠儿——Trimmomatic软件。Trimmo...阅读全文... 阅 读 全 部 >
肠道微生物研究方兴未艾，重磅研究成果硕果累累。这不，又有肠道菌群微生物的研究发表在Nature[1]和Science[2]上了，而地球微生物组计划的第一颗果实也在Nature[3]上发布。继2016年5月13日美国宣布启动“国家微生物组计划”以来，微生物组研究已经成为了各国科学家及政府关注的焦点；而随后2017年12月20日重磅推出的“中国科学院微生物组计划”，再次将我国的微生物组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
这个春天注定让人印象深刻，新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心，虽然疫情防控严峻复杂，但全国人民万众一心，终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利，介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作，于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅 读 全 部 >
生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
众所周知，全基因组关联分析（GWAS）是研究动植物复杂性状的重要手段。利用GWAS分析可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。但传统GWAS分析存在一些不足，如难以确定具体功能突变，难以解析突变如何影响性状的具体机制，并且有些高阶表型难以定性定量。图1 整合多种类型的组学数据解析基因型-表型间的关联因此，利用中间分子作为表型进行GWAS分析逐渐成为GWAS研究的热点。mGWAS (... 阅 读 全 部 >
本期文章将给大家介绍基因分型策略的相关知识： 1. 四种基因分型技术简要比较 对于GWAS 研究，关键就是需要对目标群体的每个个体开展全基因组水平的基因型检测。4种测序策略所能检测的区域有所区别，如下图示意图所示。图1 四种基因分型策略检测区域的示意图，图中绿色长方块代表对应的测序技术所能检测的区域（1 ）全基因组重测序理论上可以检测基因组范围内所有位置的突变信息，常见检测的突变类似包括：SNP ... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析（GWAS）目前已经成为研究复杂性状和疾病遗传变异的有效手段，但是由于群体结构的存在，导致分析结果出现假阳性。经过数十年的发展，新的方法的不断出现，才使得群体结构对分析的影响进一步降低。Timeline of GWAS目前GWAS主要采取两种实验设计，一种是基于情缘关系的群体（Population-based cohorts）设计；另一种是基于无关个体的病例-对照（...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法，且成本较低，是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库，用来与测序数据进行比对，并进行物种注释，主要收录了微生物的16S，18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多，本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍，以便大家选择使用。1. GreenGenes网址：http://greengenes.s...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
对于24K纯生信小白来说，数据准备绝对是一件令人头疼的问题。还记得我第一次用ClustalX做序列Alinment时一直不出结果，折腾了一下午偶然发现出错仅仅因为文件名是中文的。经过这次教训以后，自己也养成了个习惯，不管是文件名还是表格内容绝不用中文，哪怕是用拼音表示。在《你可能需要一个功能强大一点的文本编辑器……》一文，已介绍过用Notepad++查看Excel中不容易发现的格式错误。可还是有小... 阅 读 全 部 >
# 一、无处不在的motif #在各类表观组学文章中，motif分析总是占据着关键版面，例如m6A文章中经典的RRACH类型RNA甲基化motif、ATAC文章中各类转录因子结合位点预测也少不了motif结果的展示，甚至可以利用motif分析预测蛋白功能。用途如此广泛的分析究竟该如何去理解与学习其基础概念，手上有数据该如何完成此类分析，分析结果又如何解读，今天我们就带大家来好好认识一下这位期刊文章... 阅 读 全 部 >