这里我们就要讲讲如何从海量的芯片数据中寻找到差异表达的基因。首先，我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因。其实在肿瘤的发生发展过程中，很多平时沉默的基因开始高表达，而原本那些正常表达的基因，它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因，它们的存在启动了肿瘤的发生。所以，如果我们要研究肿瘤发生的机制，研究这些差异表达的基因是必不可少的。利用在线工具...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组作为研究分子机制最常用的科研手段，几乎每个科研工作者都会与它有那么一两段缘分，今天就带大家一起来通过图说的形式，了解下转录组结果中的重点分析内容，闲话不多说，上干货！图说一、 生物学重复平行性检验-相关性分析热图+PCA图转录组测序目前普遍要求进行检测的每个组别，是少需要三个生物学重复，以保证结果的科学性。生物学重复的平行性越好，重复作为一个组呈现时，分析的结果越可靠，因此，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
大家好，今天和大家分享的是一月份发表在Front Aging Neurosci(IF：3.633)杂志上的一篇文章，“Integrative Analysis of Hippocampus Gene Expression Profiles Identifies Network Alterations in Aging and Alzheimer’s Disease”，文章中作...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
之前跟大家分享了《转录组测序结题报告怎么看？点进来就知道啦！》，看懂结果是解读数据的第一步，如何把结果跟最终的课题相关联，即数据的挖掘是数据到文章的转化关键，咱们今天就来聊聊如何在转录组结果中挖掘关键基因。有参转录组有参考基因组的物种进行转录组研究，因为基因的信息是已知的，所以在挖掘基因上会相对简单。1、通过参考文献和前期实验获得了一些预期基因的信息，可以直接在转录组的差...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
火山图（volcano plot）常用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05，差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢？首先需要知道，火山图的横坐标通常用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
什么是火山图？火山图（Volcano plot）——顾名思义，因其绘制后图形的效果酷似火山而命名。用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性一般用T-Test的P值衡量，差异性常用Fold Change值作为筛选标准。如何看懂火山图？每个人在使用火山图时的需要可能不一样，绘制出来的效果就不一样。小编汇总了部分火山图的展示效果，给大家一些参考~看到这些火山图，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组测序基础知识及常见问题转录组学(Tranomics)，是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用来研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和预测新的转录本等等。转录组（tranome），是指特定生长阶段某组织或细胞内所...阅... 阅 读 全 部 >
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一个新兴的测序技术，通过解析组织中单个细胞的基因表达水平，来研究细胞胞间异质性、区分细胞类型和亚型、识别细胞类型特异性基因及揭示细胞动态过程等。百迈客利用10X Genomics官方软件CellRanger进行数据比对、基因定量以及细胞鉴定。同时cellranger还基于鉴定的细胞进行了细胞亚群分析以及差异表达基因分析。根据cellran...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。预备知识1：转录本是什么？转录组测序的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下，用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。基...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >