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基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
基于生物研究的中心法则而言，一般来说一个基因是从DNA- RNA-蛋白的过程。但是在研究过程当中，总有一些基因是不会最后翻译成蛋白的。所以我们就把这种不翻译成蛋白的RNA叫做非编码RNA(non coding RNA, ncRNA)。这里我们就简单的总结一下ncRNA的分类。对于ncRNA的研究，随着研究的深入肯定会发现更多类型的ncRNA。这里我们是基于19年发表的一篇综述当中的分类来进...阅... 阅 读 全 部 >
都说做人难，做好人更难，好人全靠高情商。都说lncRNA情商极高，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋白质)关系紧密，八面玲珑的lncRNA那是相当吃得开啊。想在生物行业这个圈子里混得好，还得多向lncRNA学习。来，咱们今天就向大家分析分析lncRNA如何在圈子里如鱼得水，嘿嘿！图1 （网络来源图片，和珅）lncRNAs作用范围广泛，机制非...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
癌症是一种复杂疾病，与多个基因的突变相关，包括表观遗传变异、染色体易位、基因缺失和拷贝数变异。非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA) 是一种具有基因组的编码域但大部分都没有翻译成蛋白质的新兴转录本，在各种细胞的生理功能中，ncRNAs扮演关键角色，特别是长非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)，在染色质动力学、基因表达、细胞生长和分...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
蛋白质是生命体的构成者，生命活动的主要承担者。人们曾经一度认为只有编码蛋白的基因才具有重要功能。随着研究的深入，越来越多的证据表明DNA转录的非编码RNA并不是毫无作用的“垃圾”，其中的lncRNA，miRNA，circRNA可参与多种生物学进程，发挥重要的调控功能。今天我们先为大家简要介绍非编码RNA中其中的两个重量级成员——lncRNA和circRNA。后续我们会分期从研究策略和应用案例进行详... 阅 读 全 部 >
根据前文表观遗传学研究你知道多少？——ATAC-seq可知，开放染色质的研究，对于寻找转录前调控核心因子至关重要。本次小编重点给大家介绍几种利用现有测序技术快速获取开放染色质区域的全部信息。1、最直接的开放染色质区域检测技术——DNase-seq技术2008年面市的DNase-seq技术是比较早出现的，基于二代测序平台的开放染色质区研究技术。该技术使用核酸内切酶DNase I。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
导语非编码RNA种类繁多，家族庞大，没一定的方法根本就记不住都有谁。麦子有一套记忆心得来帮助大家记住这些非编码RNA的种类和功能，免得老板问起来什么都不知道。非编码RNA由于功能强大，站上舞台摇曳生姿已久，前几日老谈问我：“非编码RNA除了热门的miRNA，lncRNA还有啥啊？”我本想不屑一顾，结果：“多呢，还有tRNA，rRNA, 什么什么RNA来着，反正那几个嘛！呀，我好忙呢！”额，只能一溜... 阅 读 全 部 >
在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还是相对较高，因此需要从已测完的样本中再挑选合适的样本进行宏基因组测序。那么，这个时候就遇到一个问题——我们该如何挑选样本呢？图1.16s+宏基因组关联分析思路1.What——什么是microPITA在... 阅 读 全 部 >
物种分析作为微生物群落研究的核心，决定了文章最终是否能够揭示分组差异的微生物响应/驱动机制。今天，我跟大家分享一篇非常有特色的物种分析案例，文章通过多种高级分析方法，找到了可以指示珊瑚生态系统扰动的微生物。期刊 2019 Microbiome IF=10.465研究背景不论是局部区域还是全球尺度，珊瑚生态系统都面临着前所未有的压力。虽然微生物对珊瑚礁稳定性和功能的重要贡献已被广泛认知，但不同的珊瑚... 阅 读 全 部 >
你可能在想“哦，太棒了，另一种要学习的工具”，但Webmin不一样。这个基于Web的Linux管理工具可以简化Linux管理任务，只剩几次点击、下拉菜单和提示的填空字段，它们可以化解与Apache、Perl和Sendmail等常见应用有关的复杂问题。Webmin使你能够管理Linux系统的软硬件、原生及第三方应用程序、Webmin本身，甚至可以使用面向命令行纯粹主义者的基于Web的文本终端登录进去... 阅 读 全 部 >
每天和分子生物学打交道的小伙伴，想必也经常被引物不特异搞的头晕脑胀，今天小编给大家推荐屡试不爽的引物设计方法，就是用NCBI在线设计，主要步骤如下：1. 打开NCBI官网，在页面最下方找到“Primer-BLAST”，也可以直接点击（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome）2. 将目的... 阅 读 全 部 >