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Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式，以heat map、柱状图、散点图...阅读全文... 阅 读 全 部 >
论文发表说到底是一种学术交流的方式，但是传统的发表方式也有着一些弊端，比如从成文到同行评议到网上发表排版付印，极有可能花费几个月的时间。随着新冠疫情的发展，预印本网站被大家所熟悉，通过预印本网站快速发布自己的文章，更利于交流，也同时相当于将自己的idea 固定下来占个坑位。今天给大家总结一下影响力最大的六个预印本网站，方便大家查询投稿。1 、arXiv（网址：https://arxiv.org/ ... 阅 读 全 部 >
不知道小伙伴们有没有经历过由于在投稿过程之中或者文章被接收以后由于一些小细节的不注意而大大推迟自己文章在线或者发表的情况。我有一个朋友曾经在文章接收之后由于对手续没有理解透彻，直到一个月后杂志催促才幡然醒悟。。。本文所述内容是我们的超人编辑根据最近一次SCI论文接收以后的经历记录和总结，尤其是找到的一些相关资料（Gold open access和User license的介绍），希...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
SCI接收后，有一个很重要的过程就是proof——校对。这个校对主要针对一些单词，短语，句子，以及作者以及单位等信息，不可以大篇幅修改。现在很多出版机构是在线的，你需要在线回答相应的问题以及做出相应的修改就可以了，还有一部分是离线的，就是以PDF的格式发给你的，这个时候，你需要如何优雅的修改呢？今天小编找了个PDF修改方法分享给大家。阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
(一)投稿前准备工作和需要注意的事项、投稿过程相关经验总结投稿前准备工作和需要注意的事项：总结提示语：1)第一作者和通信作者的区别：通信作者(Corresponding author)通常是实际统筹处理投稿和承担答复审稿意见等工作的主导者，也常是稿件所涉及研究工作的负责人。通信作者的姓名多位列于论文作者名单的最后(使用符号来标识说明是Corr...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作为医学科研工作者，撰写学术论文和向期刊投稿是及时的将自己的科学发现与世界上其他学者分享的重要方式。一篇 SCI 学术论文在完成稿件撰写后，往往需要长时间的审稿。 而作为学术「守门员」的期刊编辑和同行评审专家需要对稿件进行多轮审稿，需要很长时间来完成这一工作。对于刚进入科研领域的同学来说，往往搞不清楚稿件投稿后的各个状态具体的含义。基于此，笔者拟通过本文来谈一谈稿件在审稿各个状态的含义及具体流程。... 阅 读 全 部 >
上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列（Ensembl篇），这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写。与专攻基因组检索的Ensembl不同，NCBI数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
不知各位小伙伴是否有过这样的体验：拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话：由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
所研究物种是否有可用参考基因组是做转录组测序之前需要确认的第一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。有参转录组项目会将测到的转录本序列直接比对到参考基因组，以确定基因信息；无参的话，我们就需要借助拼接软件，获得unigene集后去做注释来获得基因信息。基因组只有序列信息可以做为转录组测序的参考基因组吗？答案是不能哦！转录组测序的参考基因组不仅需要有序列信息，还要...阅读全文&... 阅 读 全 部 >