作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介Complexheatmap是由顾祖光博士创建的绘制热图的R包，在他的GitHub有十分详细的小品文(Vignettes)说明。Complexheatmap是基于绘图系统grid，因此如果有相应grid的知识，学习起来应该更顺手！设计Complexheat... 阅 读 全 部 >
之前我们分享过R语言绘制热图（），用的是pheatmap包。其实画热图还可以用heatmap函数、ggplot2包、gplot包、lattice包来画，惊呆了吧~~今天我们就分别来说说这5个R包画热图的方法。先从heatmap函数说起。一、heatmap函数heatmap(temp,col=colorRampPalette(c("green","black","red"))(12),C...阅读全... 阅 读 全 部 >
ComplexHeatmap是 Zuguang Gu博士开发的一款可以绘制复杂热图的一个包，即可实现简单热图的功能，更能绘制更复杂的热图。复杂的热图有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式。 ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图并支持各种注释图形。技术小编之前对这个包做过简单介绍（ 如何让你的图变得高大上之COMPLEXHEATMAP ），这次介绍两个简单实... 阅 读 全 部 >
主成分分析（PCA），是考察多个变量间相关性的一种多元统计方法，研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构，即从原始变量中导出少数几个主成分，使它们尽可能多地保留原始变量的信息，且彼此间互不相关。图1 主成分分析得分图在生物医学领域，生物样本存在于一个复杂的系统，容易受各种环境因素及自身基因、代谢等因素的影响，变量非常多。PCA可以从复杂的数据中找到最主要的元素，去除...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
在之前的《推荐一个快速绘制热图的在线工具》、《如何用Origin绘制“聚类”热图？》和《如何用Origin绘制热图？》三篇文章中，已经为大家介绍过使用OmicShare tools和Origin绘制热图的方法，无需编程，非常简单。而GraphPad Prism也是一个非常受欢迎的科研作图软件，它也可以对数据做归一化、计算相关性、绘制热图。我接下来为大家介绍用GraphPad Prism 绘制热图。... 阅 读 全 部 >
由微生物线、转录组线、小RNA线、蛋白代谢线四个小组组长带领各队组员“浴血奋战”， 经过“重重考验”，数次修改，本篇文章过关斩将，脱颖而出！快来和小编一起观摩这篇优秀的文章吧感谢其他三条线的小组成员的参与，下一篇精彩文章的主笔就是你们！如果你是个地地道道生物科研人，当你想要形象地展示不同分组之间表达量的差异时，第一个被激活的idea是啥？——肯定是热图无疑了。它色彩鲜艳、分明，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台如果你的研究要带上生信，总得了解一下热图，这是最常用的一种数据表现手法了，号称入门必备技术。尤其多用于展示各种基因或RNA在不同样本中的表达，观察其表达模式。但一堆堆的色块让人眼花缭乱，背后的分析方法更让人不知从何下手。今天我们先来初步探一探门道。读热图的解读一幅典型的热图如下，最显眼的是中间像浴室地砖一样的小色块铺成的一片板子，那就是热图本身。本...阅读... 阅 读 全 部 >