此前我们已讲解许多关于RNA甲基化相关实验设计和研究思路套路，今天，我们来点新干货，从生物信息学分析的角度来独家解析MeRIP-Seq数据的分析利器——exome Peak。通过exomePeak包能够进行RNA甲基化位点peak鉴定、peak定量以及差异分析，一起来看看这款经典软件的内部原理吧。关于exomePeakexomePeak是目前主流的MeRIP-seq(m6A-s...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
xargs是 Unix 系统的一个很有用的命令，但是常常被忽视，很多人不了解它的用法。本文介绍如何使用这个命令。一、标准输入与管道命令Unix 命令都带有参数，有些命令可以接受"标准输入"（stdin）作为参数。$ cat/etc/passwd|grep root上面的代码使用了管道命令（|）。管道命令的作用，是将左侧命令（cat /etc/passwd）的标准输出转换为标准输入，提供给右侧命..... 阅 读 全 部 >
原创：小姐姐味道（微信公众号ID：xjjdog），欢迎分享，转载请保留出处。有很多同学微信问我，Linux命令这么多，该怎么从入门到精通？其实，这个事情非常的simple，这篇文章将会带你飞。文章非常的长，要挑一个阳光明媚的sunshine weekend，耐心去搞定。本文将由一个Linux命令概览开始，说明Linux命令的方方面面。如果你读完这部分还是一头雾水，那么...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导语eLife是一个刊登生命和生物医学各领域高水平论文的开源在线期刊，开创性地推出了新的原型——允许科学家修改论文中的底层代码来调整图表，以方便科研工作者们验证，重构或更好地理解彼此的工作。编译：集智俱乐部翻译组来源：nature原题：Pioneering ‘live-code’ article allows scientists to play with each other’s results... 阅 读 全 部 >
以下帮助中心/知识库工具的选取是小编将百度、谷歌、搜狗、bing、知乎...搜索中，高频率出现的非广告类工具进行汇聚整，。不排除小编找到的是营销内容，建议大家使用之前，多多去了解内容来源由于很多平台不能直接发链接，所以小编将使用的搜索引擎和对应的标题名称写下来，感兴趣的朋友可以去搜索下。最全的在线帮助文档、知识库制作工具汇总，总有一款适合你！-百度...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
源宝导读：为了向用户更好的传递ERP开放平台的价值与技术知识，我们基于GitBook框架搭建了一个文档中心站点，本文将介绍此站点的设计与实现过程。一、项目架构图因为文档会涉及到很多的产品线，所以目前主要是通过拉取各个产品线的文档仓库，进行合并编译生成方式构建处理，整个的架构和执行流程如下：1.1、收集阶段首先产品需要按照约定好的目录格式建立文档仓库，然后再新增markdown文件书写文档内容，最后... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常...阅读... 阅 读 全 部 >
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。当然实验设计和内容绝对占99...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >