摘自生信草堂今天的文章中我给大家介绍环状RNA预测的另一款重要的软件——CIRCexplorer2. 该软件是由中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组和计算生物学研究所杨力研究组共同开发的，他们团队已经在《Cell》, 《Mol Cell》和《Genome Res》等国际顶尖杂志发表多篇环状RNA研究文章。CIRCexplorer2继承...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
此前我们已讲解许多关于RNA甲基化相关实验设计和研究思路套路，今天，我们来点新干货，从生物信息学分析的角度来独家解析MeRIP-Seq数据的分析利器——exome Peak。通过exomePeak包能够进行RNA甲基化位点peak鉴定、peak定量以及差异分析，一起来看看这款经典软件的内部原理吧。关于exomePeakexomePeak是目前主流的MeRIP-seq(m6A-s...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
xargs是 Unix 系统的一个很有用的命令，但是常常被忽视，很多人不了解它的用法。本文介绍如何使用这个命令。一、标准输入与管道命令Unix 命令都带有参数，有些命令可以接受"标准输入"（stdin）作为参数。$ cat/etc/passwd|grep root上面的代码使用了管道命令（|）。管道命令的作用，是将左侧命令（cat /etc/passwd）的标准输出转换为标准输入，提供给右侧命..... 阅 读 全 部 >
原创：小姐姐味道（微信公众号ID：xjjdog），欢迎分享，转载请保留出处。有很多同学微信问我，Linux命令这么多，该怎么从入门到精通？其实，这个事情非常的simple，这篇文章将会带你飞。文章非常的长，要挑一个阳光明媚的sunshine weekend，耐心去搞定。本文将由一个Linux命令概览开始，说明Linux命令的方方面面。如果你读完这部分还是一头雾水，那么...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导语eLife是一个刊登生命和生物医学各领域高水平论文的开源在线期刊，开创性地推出了新的原型——允许科学家修改论文中的底层代码来调整图表，以方便科研工作者们验证，重构或更好地理解彼此的工作。编译：集智俱乐部翻译组来源：nature原题：Pioneering ‘live-code’ article allows scientists to play with each other’s results... 阅 读 全 部 >
以下帮助中心/知识库工具的选取是小编将百度、谷歌、搜狗、bing、知乎...搜索中，高频率出现的非广告类工具进行汇聚整，。不排除小编找到的是营销内容，建议大家使用之前，多多去了解内容来源由于很多平台不能直接发链接，所以小编将使用的搜索引擎和对应的标题名称写下来，感兴趣的朋友可以去搜索下。最全的在线帮助文档、知识库制作工具汇总，总有一款适合你！-百度...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
源宝导读：为了向用户更好的传递ERP开放平台的价值与技术知识，我们基于GitBook框架搭建了一个文档中心站点，本文将介绍此站点的设计与实现过程。一、项目架构图因为文档会涉及到很多的产品线，所以目前主要是通过拉取各个产品线的文档仓库，进行合并编译生成方式构建处理，整个的架构和执行流程如下：1.1、收集阶段首先产品需要按照约定好的目录格式建立文档仓库，然后再新增markdown文件书写文档内容，最后... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常...阅读... 阅 读 全 部 >