微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法，且成本较低，是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库，用来与测序数据进行比对，并进行物种注释，主要收录了微生物的16S，18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多，本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍，以便大家选择使用。1. GreenGenes网址：http://greengenes.s...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心俗话说，民以食为天，而科研则以数据为天。NCBI包含的各类数据库无疑是科研数据积累的宝藏。今天，小编就用一文带你初步认识NCBI数据库。官方网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI 开发有 Genba...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Nucleic Acids Research/核酸研究，IF17分，在生物医学大数据领域一直都是投稿人心中的“圣洁女神”，发表在该刊上的文章同行认可度高、行业影响力大。随着医疗大数据时代的来临，越来越多的高质量临床数据被整理收集，形成了一套完整的数据库。近期我们发现，中国学者在NAR上接连发表了9篇生物医学数据库（database）的原创研究。 这些公共数据促进了临床数据和科研...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
蛋白质是生命活动的基本单位，我们在进行遗传病基因突变为致病性研究时，很重要的一点就是分析该变异是否会影响蛋白质的结构与功能。熟悉我们检测报告的老师都知道，康旭的蛋白损伤预测采用的是Mutation Taster、SIFT、PolyPhen。之前我们介绍了PolyPhen-2以及SIFT软件，今天小编带大家了解另一款软件Mutation Taster。Mutation Taste... 阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
随着抗生素药物的发现及使用，越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前，通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制，为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库，但它从2009年开始就不再更新。而CARD(the Comprehensive Antibiotic Rese..... 阅 读 全 部 >
微生物的基因组序列被研究的越来越多，当我们得到菌株的基因组序列后，我们该怎样进行分析研究？通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析，但有时你会发现分析结果没有针对性，想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试，或许能得到不一样的结果，从而踏上“不一样”的科研之路，发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。Isfinder (the ref... 阅 读 全 部 >
随着抗生素药物的发现及使用，产生了越来越多的耐药菌株。耐药性会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究显得尤为重要。细菌的多种耐药机制由大量耐药基因所编码。耐药菌在基因水平上的改变主要包括固有耐药性、获得耐药性以及多重耐药性。固有耐药性来源于细菌本身染色体上的耐药基因。获得耐药性则是由于敏感的细菌发生基因突变或获得外源性耐药基因所产生的。多重耐药性则是指细菌同时对多种不同作用机制，或结...... 阅 读 全 部 >
1.home网址：http://www.kegg.jp/kegg/2.关于kegg数据库的一些统计情况：http://www.kegg.jp/kegg/docs/statistics.html截止2018.4.12该数据库总共包含：525个代谢通路(Pathway maps)，21,952条同源群(KEGG Orthology (KO) groups)，涉及物种442真核生物、4654...阅读全... 阅 读 全 部 >
毋庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能非常强大，下面给大家介绍下我自己用的最多的功能。NCBI 中BLAST工具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种比对工具用的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），用的相对较少，但是不得不说，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >