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2021
08-25

【技术分享】 UniProt 数据库使用指南

在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的 IL-6为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-25

怎么查询蛋白质的全部信息-- UniProKB数据库

今天给大家介绍一个数据库：UniProKB数据库（网址http://www.uniprot.org）。这个数据库对于查询蛋白质相关信息还是很全面的。比如我们想要查询人类p53蛋白的主要功能、结构域、翻译后的修饰和参与的代谢途径，以及与它相互作用的蛋白和疾病这些信息，打开这个网站，输入p53，点击查询。网页左侧会显示出这个蛋白最常见的物种，我们选择物种是human的p53。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2021
08-25

整合uniprot等多个数据库，这个蛋白质数据库堪称巨无霸

对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
2021
07-31

干货 | 如何查找目标基因序列？掌握这几招就够了！（NCBI篇）

上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列（Ensembl篇），这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写。与专攻基因组检索的Ensembl不同，NCBI数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2021
07-31

干货 | 如何确定物种是否有参考基因组？（二）

上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021
07-31

干货 | 如何确定物种是否有参考基因组（一）

所研究物种是否有可用参考基因组是做转录组测序之前需要确认的第一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。有参转录组项目会将测到的转录本序列直接比对到参考基因组，以确定基因信息；无参的话，我们就需要借助拼接软件，获得unigene集后去做注释来获得基因信息。基因组只有序列信息可以做为转录组测序的参考基因组吗？答案是不能哦！转录组测序的参考基因组不仅需要有序列信息，还要...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2020
03-01

5分钟看懂KEGG代谢通路图

做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。KEGG Pathway分类一般，KEGG中存在三大类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯一编号，如map00010，据此可在kegg数据库官网查询：第一类、reference pathway：根据...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
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