前言随着测序技术的发展，一些大规模的癌症基因组项目，例如癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas ,TCGA）和国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ,ICGC）收集了大量多维度的癌症基因组数据，同时这也给癌症基因组数据的整合、研究和分析带来了更大的挑战。因此，今天给大家介绍一款比较经典且好用的综合性数...阅读全文... 阅 读 全 部 >
TCGA生信挖掘必备数据库合集小伙伴们大家好，肿瘤相关的生信文章绝大多数离不开TCGA数据库（ https://portal.gdc.cancer.gov/）。但新手小白们可能对这个网站中的数据无从下手，或者仅仅知道寥寥几个相关网站还没能探索到相关的神奇功能。那么，我就来为大家总结一下TCGA生信挖掘必备的数据库合集吧！ 最权威的网站资源1.cBioPortal（http://www.cbiopo... 阅 读 全 部 >
数据集为“2012年TCGA发表的乳腺癌的研究”；分析类型，确定数据分析类型，以突变数据、拷贝数数据和表达数据为例；检索的基因，以“ERBB2”为例。点击Submit后会得到如下结果。OncoPrint页面显示的是检索的基因在所有样本中的突变、拷贝数、表达情况，如ERBB2在463个乳腺癌样本中发生变化的样本数目是89个，其中图中一个小竖条代表一个样本。把鼠标放到某个样本上可以显示更多信息，点击其... 阅 读 全 部 >
在特定的细胞或组织中，发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的。来自胚胎干细胞和其他细胞模型的研究表明，一小组细胞类型特异性或谱系特异性转录因子（TFs）形成了相互连接的自动调节环，以控制特定细胞类型的转录程序。将某种细胞或者组织中的核心转录因子及其调控回路称之为core transcription regulatory circuitry, 简称CRC。核心TF及其相互连接的...阅读全文... 阅 读 全 部 >
今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。与其...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
这期内容当中小编将会给大家带来有关人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
增强子作为基因组上的顺式作用元件，在调控网络中发挥重要作用。随着研究的不断深入，科学家提出了超级增强子super-enhancer的概念，将基因组上富集了增强子的区域定义为超级增强子。类似于将富集CpG位点的区域定义为CpG岛，这种将富集某种元件的区域单独定义并进行研究的思想在生物学领域非常常见，体现了不同元件功能层次的多样性，由单个位点到一组位点，这种功能研究的层次性也对应了生命...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
摘要：目的基于文本挖掘技术和生物医学数据库对新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）相关文献进行数据挖掘分析，探究COVID-19 及其主要症状发热、咳嗽、呼吸障碍相关基因靶点，筛选潜在有效的化学药和中药。方法使用GenCLiP 3 网站获取COVID-19 和其主要症状咳嗽、发热、呼吸障碍共4 个关键词的共有靶点，在METASCAPE 数据库中对其进行基因本体（GO ）和通路富集分析，再利用Str... 阅 读 全 部 >
7个常用数据库拿下肿瘤3区文章，你还犹豫什么最常用的生信分析在线数据库＋最简单的生信分析思路=2021年10月发表在Frontiers in genetics（IF：4.772）的肺腺癌生信分析文章——《 RAB11FIP1: An Indicator for Tumor Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinom...阅... 阅 读 全 部 >
开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。gget文章...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >