2023
09-30
09-30
建议收藏，这25个英文网站助力于你的论文
英文文献一直是个令人头疼的问题光是找下载网站就需要花大把的时间！不用担心~为大家整理了25个免费英文文献下载网站，赶紧收藏+转发！TIPS：大家可以用google浏览器打开网址，一键翻译成中文，如果是英语大神可忽略本TIPS。1.香港科技大学图书馆 Dspacehttp://repository.ust.hk/dspace包括香港科技大学的学...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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英文文献一直是个令人头疼的问题光是找下载网站就需要花大把的时间！不用担心~为大家整理了25个免费英文文献下载网站，赶紧收藏+转发！TIPS：大家可以用google浏览器打开网址，一键翻译成中文，如果是英语大神可忽略本TIPS。1.香港科技大学图书馆 Dspacehttp://repository.ust.hk/dspace包括香港科技大学的学...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
08-20
08-20
开放数据库Dryad在临床研究领域中的应用
第一节：开放数据库Dryad在临床研究领域中的应用第二节：Dryad在心血管疾病研究领域案例分析作者：王晓燕1 白英楠2 戴启盈3 赵公双41.复旦大学中山医院，心内科2. 复旦大学中山医院，心内科3. Metrowest Medical Center, Framingham, MA, USA4. 沈阳军区总院，心内科第一节 开放数据库Dryad的使用1. Dryad数据库...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2023
06-17
06-17
【生物信息学笔记】欧洲生物信息中心（EBI）资源
我们接着讲生物信息学的资源，之前我们介绍了NCBI，欧洲也有一个非常大的centralized resource，叫EBI 。和NCBI有点类似，也是一个包含各种各样数据库这样的资源，它主要也是针对从序列到蛋白到蛋白结构到表达到通路到Ontology各个方面。首先在DNA，RNA和蛋白的方面，基因和基因组最主要是有一个ensembl，很多人不知道EBI也会知道ensemb...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
05-01
05-01
懒人福音，做ceRNA的都给我进来看！
LncACTdb 2.0数据库食用指南Hello，小伙伴们大家周三好~本周我们继续来讨论一下lncRNA的一个大热功能，也就是lncRNA的ceRNA机制。ceRNA是个啥，相信各位小伙伴们已经非常清楚了，无论是酸谈老师的直播还是文献品谈会都介绍了大量的ceRNA的案例文献。在ceRNA的机制中，一共有三个变量参与，以lncRNA为例，最最常见的ceRNA结构就是lncRNA—miRNA以及miR... 阅 读 全 部 >
2023
04-15
04-15
华中农大构建首个多物种中特异性蛋白介导的染色质环综合数据库ChromLoops
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
2023
03-28
03-28
如何分析TCGA数据之cBioportal网站
今天，小编将为大家介绍一个无需代码，并且免费使用的TCGA子数据库——cBioportal网站。毋庸置疑，这是一个科研汪们集万千宠爱的网站。首先，我们进入网站了解一下。官网网址为http://www.cbioportal.org/。进入官网后，主页分为以下三个区域，左侧的为选择研究的区域(按器官对各肿瘤分类)，中间是下载研究数据的区域，右侧区域是对各研究数据的一个总结及该癌种的临床信息。...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
03-26
03-26
cBioPortal—癌症基因组学可视化利器
前言随着测序技术的发展，一些大规模的癌症基因组项目，例如癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas ,TCGA）和国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ,ICGC）收集了大量多维度的癌症基因组数据，同时这也给癌症基因组数据的整合、研究和分析带来了更大的挑战。因此，今天给大家介绍一款比较经典且好用的综合性数...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
03-26
03-26
干货来啦！肿瘤生信挖掘必备数据库大合集！看这篇就够了！
TCGA生信挖掘必备数据库合集小伙伴们大家好，肿瘤相关的生信文章绝大多数离不开TCGA数据库（ https://portal.gdc.cancer.gov/）。但新手小白们可能对这个网站中的数据无从下手，或者仅仅知道寥寥几个相关网站还没能探索到相关的神奇功能。那么，我就来为大家总结一下TCGA生信挖掘必备的数据库合集吧！ 最权威的网站资源1.cBioPortal（http://www.cbiopo... 阅 读 全 部 >
2023
03-25
03-25
#数据库酷#TCGA数据分析利器—cBioPortal介绍
数据集为“2012年TCGA发表的乳腺癌的研究”；分析类型，确定数据分析类型，以突变数据、拷贝数数据和表达数据为例；检索的基因，以“ERBB2”为例。点击Submit后会得到如下结果。OncoPrint页面显示的是检索的基因在所有样本中的突变、拷贝数、表达情况，如ERBB2在463个乳腺癌样本中发生变化的样本数目是89个，其中图中一个小竖条代表一个样本。把鼠标放到某个样本上可以显示更多信息，点击其... 阅 读 全 部 >
2023
03-02
03-02
dbCoRC：超实用核心转录因子数据库
在特定的细胞或组织中，发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的。来自胚胎干细胞和其他细胞模型的研究表明，一小组细胞类型特异性或谱系特异性转录因子（TFs）形成了相互连接的自动调节环，以控制特定细胞类型的转录程序。将某种细胞或者组织中的核心转录因子及其调控回路称之为core transcription regulatory circuitry, 简称CRC。核心TF及其相互连接的...阅读全文... 阅 读 全 部 >