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2022
04-25

edgeR 差异基因分析

基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。DESeq2已经在前面文章中作了简介，本篇继续展示R包edgeR的差异基因分析流程。类似DESeq2，edgeR作为被广泛使用的R包，文献中经常能看到它的身影，如下举例。相关文献描述1 安装edgeRe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2022
04-23

基因芯片数据分析--芯片数据预处理

基因芯片(Gene chip)（又称DNA芯片、生物芯片）最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >

2022
04-22

RNA-Seq项目常见问题与解答

这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中，有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了，花儿开了，今天福利也到了，我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总，各位老师可以按需自取哈。1．如何判定生物学重复一致性的高低？生物学重复统计方法及公式答：（1）皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2022
04-19

20个转录组知识点-就等你知道！

随着测序成本的不断下降，转录组实验已成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。为此组学大讲堂的小编总结了20个转录组实验的常用知识点，希望对大家有所帮助。Question and Answer1、什么是转录组测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序... 阅 读 全 部 >

2022
04-15

转录组专题—关于差异分析相关问题解答

转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ，在我们突破第一关，做好样本关系分析后，这时在转录组测序获得的茫茫基因中，该如何找到心仪的目标基因呢？毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因，而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因，这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点，如为什么是基于负二项分布？以及进行差..... 阅 读 全 部 >

2022
04-12

全新Logo来啦 Ubuntu 22.04 LTS版4月21日发布

在最新的Ubuntu 22.04 LTS中，第三版Logo现身啦。据介绍，新Logo采用经典的橙、白配色，同时改为了流畅的线条设计，并采用非对称图案设计，橙色也代表了Ubuntu对自身的大胆表达。我们再来看下Ubuntu Logo的演进，2004年首个版本的Logo是多彩的，2010 年推出的第二版更加简洁，从多种颜色减少到现在熟悉的橙色和白色，2022第三版的变化也有类似的实际...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >

2022
04-08

代谢组学实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操

编者按：代谢组学数据下机啦~如何进行数据筛选？如何进行数据标准化处理？本篇小鹿“安利“一款实用软件：无需复杂的EXCEL操作；无需自己写代码；也无需自己写脚本；可解决代谢组学下机数据地复杂分析？不相信请各位“看官”继续往下看...MetaboAnalyst工具软件MetaboAnalyst是一个基于网络的综合性工具套件，旨在帮助用户...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2022
04-08

代谢数据不会分析？用这个网站就够了

目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst (https://www.metaboanalyst.ca/) 。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀关于MetaboA... 阅 读 全 部 >

2022
04-08

奥利给~~代谢通路富集分析原来还可以这么做？

近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2022
04-07

科普 | 靶向和非靶向性代谢组学分析技术简介

代谢组学(Metabolomics)是生物体内生化反应的总成，是生命体维持生命的物质基础，也是研究生命活动的重要基础。代谢组学是基于高通量分析和生物信息学技术，研究生命在内、外环境影响下的内源代谢活动，包括对代谢产物种类、数量及其变化规律的检测和分析，从而研究集体生命活动发生和发展的本质。代谢物作为生物学过程的终端产物，其状态改变能够准确地反应细胞功能的变化。研究表明，包括癌症在内的多种疾病...... 阅 读 全 部 >