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2022
04-06

3分钟带你看懂代谢组学研究中常用的“套路”

转自生物谷上一周谷君给大家介绍了“”，获得了大家的广泛好评。但是懂行的人都知道，代谢组学的研究纷繁复杂、种类繁多，实验得到的数据量也相当惊人。那么如何在代谢组学的研究中理出头绪呢？今天谷君整理了一些常用的“套路”，希望能够给大家一些启发。一：代谢组学分析流程一般来说，代谢组的分析流程有：首先将代谢组分进行预处理，预处理的方法由测量分析方法决定，如使用质谱方法分析，则需要...阅读全文>&g... 阅读全部 >

2022
04-05

只需3分钟Get“代谢通路分析神器”--MetaboAnalyst

日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操），MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点 ...阅读全文>>... 阅读全部 >

2022
04-03

抢先知道！Ubuntu 22.04 LTS 诱人的新功能

本文列出了即将发布的 Ubuntu 22.04 LTS 'Jammy Jellyfish' 版本中的所有主要功能。众多 Ubuntu 粉丝对对下一个大版本 Ubuntu 22.04 LTS 应该很是期待了吧。这是一个长期支持版本，将支持五年，直到 2027 年 4 月。即将发布的 LTS 版本带来了几个新功能。如果您使用的是 Ubuntu 20.04 LTS，您会注意到许多视觉变化。如果您使用..... 阅读全部 >

2022
04-03

宏基因组/宏转录组测序

宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来加州伯克利分校的Kevin Chen和Lior Pachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需...阅读全... 阅读全部 >

2022
04-03

测序数据质控界的宠儿-Trimmomatic

一个优质的测序结果，除了倚仗技术娴熟的实验人员和稳定的测序仪器，更重要的是要有一款集能力和才华于一身的质控软件。高通量测序下机的原始数据rawreads中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。今天，小奥要给大家介绍的就是数据质控界的宠儿——Trimmomatic软件。Trimmo...阅读全文... 阅读全部 >

2022
04-02

干货|宏转录组全类型样本准备都在这里

肠道微生物研究方兴未艾，重磅研究成果硕果累累。这不，又有肠道菌群微生物的研究发表在Nature[1]和Science[2]上了，而地球微生物组计划的第一颗果实也在Nature[3]上发布。继2016年5月13日美国宣布启动“国家微生物组计划”以来，微生物组研究已经成为了各国科学家及政府关注的焦点；而随后2017年12月20日重磅推出的“中国科学院微生物组计划”，再次将我国的微生物组...阅读全文&... 阅读全部 >

2022
04-02

微生物多样性和代谢组联合分析新方法mmvec

这个春天注定让人印象深刻，新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心，虽然疫情防控严峻复杂，但全国人民万众一心，终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利，介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作，于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅读全部 >

2022
04-02

Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器

作者：麦子（转载请注：解螺旋·医生科研助手）在生信分析里，各种物质相互作用网络（interaction network）的研究也很丰富，数据比较复杂。今天安利的Cytoscape就是一个专用于互作网络数据可视化的软件，比如蛋白-蛋白相互作用（Protein-Protein interaction, PPI）：还有mRNA–microRNA相互作用：反正就这个意思，这些图不加说明的...阅读全文&g... 阅读全部 >

2022
04-02

Cytoscape：强大的pathway分析可视化工具

生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅读全部 >

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