PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示，可用于提取数据的主要特征分量，常用于高维数据的降维。在生物信息分析中，PCA常用于分析不同样本之间的相互关系，可以基于表达量或者SNP突变类型进行分析。R语言是一门专门针对统计绘图等需求设计的编程语言，在R语言中，内置了PCA分析的函数prco..... 阅 读 全 部 >
PCA全名principal component analysis，即主成分分析，看到这个名字的时候，第一次深刻的体会到了什么是每个字都认识，合在一起却不知道是什么意思……看一下主流的解释：主成分分析是一组变量通过正交变换转变成另一组变量的分析方法，来实现数据降维的目的。转换后得到的这一组变量，即是我们所说的主成分。Emmmm，还是不懂……拆开了，一个字一个词的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
library(knitr)library(psych)library(reshape2)library(ggplot2)library(ggbeeswarm)library(scatterplot3d)library(useful)library(ggfortify)mat_show <- functio...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：张丹，R语言中文社区专栏特邀作者，《R的极客理想》系列图书作者，民生银行大数据中心数据分析师，前况客创始人兼CTO。个人博客 http://fens.me， Alexa全球排名70k。前言作为数据分析师，每天都有大量的数据需要处理，我们会根据业务的要求做各种复杂的报表，包括了分组、排序、过滤、转置、差分、填充、移动、合并、分裂、分布、去重、找重、填充 等等的操作。有时为了计算一个业...阅读... 阅 读 全 部 >
派森诺转录组致力于科技服务的产品丰富且专业，产品在丰富的同时也有细致划分。今天带大家来了解一下对于无参考基因组的物种，比较转录组和无参转录组的区别。区别：1、分析目的不同：无参转录组测序：利用高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。根据将不同组的unigene进行比较，得到差异基因进行分析。比较转录组测序：是基于高通...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台10余年前，华盛顿大学的生物学教授Michael Skinner的团队做过一系列有意思的实验。2005年，他们将怀孕的女大鼠（F0）暴露于一种农业中常用的杀真菌剂，乙烯菌核利。接着在无杀菌剂的环境中将她们的后代拉扯大，一直养了4代，也就是养到了她们的玄孙（F4）。结果几乎所有玄孙子的精子数量、繁殖能力都有下降，并且出现了年龄相关的不育症。在所...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
本文根据 2016 年 8 月清华大学颉伟研究员在复旦大学「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用第一人称叙述，文中的“我”皆指颉伟研究员。报告原视频详见：系列视频5 | 清华颉伟：表观遗传的遗传与重编程，视频全长约 2h30min，文字约 2 万字（不含提问）。且听颉伟教授由浅入深，娓娓道来。本文正确打开方式：阅读 2 万字长文确实需要花点时间，不过本文语言通俗，逻辑严密...阅... 阅 读 全 部 >
发现与细胞状态相关的基因表达特征是分子生物学研究的重要方向。对于细胞在分子层面的差异，可能表现为跨多个维度，如基因组变异、基因表达、蛋白质翻译和翻译后修饰（PTM）。这些不同维度之间的变化是动态的，单独分析某特定维度可能会丢失很多信息，这就需要对这类多层信息进行综合分析，以了解生物系统各个组成部分之间的相互作用。近年来，高通量RNA测序和质谱技术在转录和蛋白质方面的最新进展使其成为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2019年2月26日，中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室与北京百迈客生物科技有限公司等单位合作，成果以“A Chromosome-Scale Genome Assembly of Paper Mulberry (Broussonetia papyrifera) Reveals the Genetic Basis of Its Forage and Papermaking Usage”为题发... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq （Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）作为表观遗传学研究技术大家庭中的重要成员，已经在越来越多的研究中得以应用。其技术原理见：https://mp.weixin.qq.com/s/fVXgsHm8FNtkJFTFZuIQZQ。今天，我们来带大家看...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >