2023
06-16
06-16
文献中这些奇奇怪怪的图看不懂啊
生信分析类研究，可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临，「拍脑门」想选题的时代已一去不复返，从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况，据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇！想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番，打开一篇生信文章，一窥其真容，看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
分类目录归档：科研&学习
生信分析类研究，可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临，「拍脑门」想选题的时代已一去不复返，从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况，据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇！想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番，打开一篇生信文章，一窥其真容，看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-11
06-11
Biopython教程之“多序列比对”
多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA），对多个序列进行对位排列。这通常需要保证序列间的等同位点处在同一列上，并通过引进小横线（-）以保证最终的序列具有相同的长度。在生物信息分析中，我们有时需要进行多序列比对，Biopython可以帮我们实现，特别是使用linux系统的同学，biopython值得拥有。两种读取方法Biopython提供了两种方法读取多序...... 阅 读 全 部 >
2023
06-11
06-11
生物信息Python从入门到精通
Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？掌握基本的语法，熟... 阅 读 全 部 >
2023
06-10
06-10
安利一款生信分析神器：Biopython之分析环境搭建
众所周知，python在数据分析领域十分常用，而作为数据科学的一个分支，生物信息学也是对python偏爱有加。今天我们就来看看一个功能强大的python生信分析包——Biopython。什么？还不知道？知道又不会用？又out啦各位，现在跟着小编来一步步实现一些很实用的python分析工具吧。征服星辰实现目标预备工作学点语言 装好pyhton当然作为入门，python语言基础还是...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
06-10
06-10
用ggplot2制作静态数据可视化报告！
对于可视化呈现来说，一个图表呈现的数据信息是有限的，更多时候，我们需要呈现的是多角度多维度的数据信息。这时候，就需要用在同一个版面上容纳多副相关的图表形成一个版面的可视化报告，今天是网易数独的一个数据报告，使用ggplot还原了（其中用到的国旗出现了点儿小bug，至今没有解决，有知情的的大神还望赐教！）library("tidyverse")library("scales")library...阅... 阅 读 全 部 >
2023
06-10
06-10
ggimage：让你在ggplot2中愉快地使用图片
导言本文介绍了ggimage包，允许在ggplot2作图时嵌入图片，并支持aes映射，可以把离散型变量映射到不同图片。目前有几个包可以使用图片嵌入做图，但都是针对特定的场景，这里使用ggimage来展示在这些特定领域里的应用，ggimage的设计是通用的，并不被特定场景所限定，文末又介绍了用R图标来画出R、用饼图来画气泡图等实例。图上嵌图片R 基础图形库（base graph...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
06-10
06-10
如何0成本做出花了30w经费的感觉？这篇最新6+SCI教你逆袭！
Notch信号通路在癌症中的作用分析基因在癌症中作用的文章，一般都是分析单基因或者基因家族，今天让我们一起通过2021年6月发表在Cancers (IF:6.639)上的文章“A Comprehensive Bioinformatics Analysis of Notch Pathways in Bladder Cancer”，来看看如何分析信号通路在癌症中的作用吧~期刊简介要素拆解题目：膀胱癌 ... 阅 读 全 部 >
2023
06-04
06-04
不看后悔！GEO数据库10X单细胞测序原始测序测序数据（fastq）下载指南来啦
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
2023
05-27
05-27
这四个网站了解一下，让你轻松预测相互作用蛋白！
蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成，参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。在进行基因机制研究中，寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程，寻找未知蛋白充满艰辛，而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究拓展思路，提供方向，让我们在科研道路上更加轻松。下面就为大家推荐四个可以用来预测相互作用蛋白的网站！一：STRING网站1.STRI...... 阅 读 全 部 >
2023
05-20
05-20