R语言 | 手把手轻松安装R包

CRAN安装R包

CRAN (Comprehensive R Archive Network) 是 R 语言的官方仓库，几乎所有主流的 R 包都可以通过 CRAN 安装。

镜像设置

建议使用CRAN安装R包前，将镜像设置为离您较近的镜像点，这里推荐清华大学提供的CRAN镜像，选择后，保存即可。

安装时可以点击Packages标签内的Install，然后输入需要安装的包名，使用默认安装路径，点击Install即可。

安装过程的提示及安装后可在Packages栏看到对应R包，即安装成功。

Tips:可在控制台使用代码输入安装R包，代码版安装为：

install.packages("ggplot2")

Biocductor 安装R包

大多数生物信息R包推荐从Biocductor上安装，Biocductor是专注于生物领域的网站，官网https://www.bioconductor.org/。

有一些R包CRAN中没有，则可尝试Biocductor。另外，如clusterProfiler建议从Biocductor下载。

首先，你需要确保R包中含有BiocManager包，您可以使用CRAN方法安装好BiocManager包，一定注意大小写！

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))     install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.19")

Tips: 最新版安装命令在这里：https://www.bioconductor.org/install/

安装好BiocManager 3.19包后，您可以使用如下命令安装Bioc的包：

BiocManager::install("clusterProfiler")

通过以上代码就安装好了富集分析常用的clusterProfiler包。

安装GitHub上的R包

GitHub是一个在线软件源代码托管服务平台，用于公开程序或软件的代码。Github网站存储了许多电脑相关内容，R包只是其中的一小部分。GitHub并不是很规范，但是往往存储非常前沿的内容，许多论文都会将自己的code上传到这里，只有最新的/小众的R包建议使用此方法安装。

clusterProfiler的包也会在GitHub上更新，因此我们以clusterProfiler为例，讲解从GitHub安装R包的方法：

clusterProfiler在GitHub上的链接：https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler

首先，你需要安装devtools包（如果你还没有安装）。这可以通过CRAN来完成：

install.packages("devtools")

安装了devtools后，你可以使用它从GitHub平台安装包：

#devtools::install_github("作者名/包名") devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler")

以上，就是GitHub安装R包方法。

本地安装

有时可能因为网络原因，无法通过上述方式安装R包，那么我们可以从 CRAN、Bioconductor 、GitHub 网站上检索相应R包，下载所需的 R 包到本地。R包文件后缀通常为 ".tar.gz" 或 ".zip" 格式。

下载完包文件后，你可以点击 R 语言Packages标签内的Install 弹出安装窗口，并切换为 Package Archive File (.zip;.tar.gz) 来源，选择需要安装的R包文件即可。

此外，还可以通过输入"install.packages()" 函数从本地路径安装包，参考代码如下：

install.packages("path/to/your/package.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

以上是我们安装R包的方法，非常实用，如果安装过程中遇到问题可以参考如下：

常见错误自查

如果你安装过程中出现了报错，不妨看看有没有以下的问题：

(1)是否切换成英文标点符号，大小写是否正确

(2)镜像是否可以正常使用

(3)网络是否有问题，如github是否可以正常访问

(4)有没有打错字符，比如名字输错了

至此，相信你已经学会了如何安装R包，快去试试吧！