ircRNA、lncRNA、miRNA等调控性ncRNA可通过与protein、RNA或DNA分子互作，发挥其多样化的调控功能。如何搞定调控性ncRNA研究方案？----四步足以。第一步确定ncRNA研究目标一般可通过以下三种方法，确定研究目标：（1）通过查阅文献，寻找线索，嫁接研究对象，照猫画虎；（2）通过生物信息学，分析挖掘GEO、TCGA等数据库相关数据，发现潜在研究目标；（3）通过RNA测... 阅 读 全 部 >
生物学家认为，人类之所以没有尾巴，是因为 2000 万年前出现的随机基因突变。人类和猿类有许多共同的生理特征，一些保留下来，一些已经进化，但始终存在一个主要区别，即猴子有尾巴，而人类没有。一项新研究指出了导致这种情况的原因是一种名为 TBXT 的基因的突变。在bioRxiv 上发表的一项研究中，他们认为人类尾巴的缺失是由于大约 2000 万年前随机出现的单一基因突变，当时一只猿出生时没有尾巴...... 阅 读 全 部 >
第一节：开放数据库Dryad在临床研究领域中的应用第二节：Dryad在心血管疾病研究领域案例分析作者：王晓燕1 白英楠2 戴启盈3 赵公双41.复旦大学中山医院，心内科2. 复旦大学中山医院，心内科3. Metrowest Medical Center, Framingham, MA, USA4. 沈阳军区总院，心内科第一节 开放数据库Dryad的使用1. Dryad数据库...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好，我是阿琛。在前面讲解的内容中，我们学习了数据的预处理，构建Seurat对象，以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来，我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示，以及GSEA分析。可以看到，在图中，图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序，包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
特发性肺纤维化是一种慢性、进行性且最终致命的肺部疾病，其特征是肺功能不可逆性恶化，主要发生于50岁及以上人群 ［ 1］。其病因及发病机制尚不明确，目前认为与遗传易感性、环境污染和职业暴露有关 ［ 2］。特发性肺纤维化早期发病隐匿，病情逐渐加重，确诊时大多为疾病晚期，诊断后中位生存期仅有2～3年，且有研究表明15%特发性肺纤维化患者最终发展为肺癌 ［ 3］。目前除肺移植外无任何其他治疗手段显示出生存... 阅 读 全 部 >
刚开始做 Western blot 的同学们想必都大多都是研究生，虽然科研经历还不是特别丰富，但情感经历一定都比较丰富吧。同学们想想自己刚谈恋爱的时候，你刚喜欢一个人却还没表白之前，是不是每天都要想尽一切办法了解他/她的爱好，他/她的习惯，他/她每天的路线等等，等你心里有数之后再开始考虑如何表白？做实验也一样，在开始 Western 之前，尽可能多的了解你的目的蛋白，这和谈...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢..... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1A + Supplementary Figure 1A大家好，我是阿琛。在上一期内容中，我们介绍了如何下载TCGA数据库，TARGET数据库，CCLE数据库等来源的表达数据，以及注释信息的初步整理（“ 首发！跟着IF12的NC学单细胞测序分析，超详细！专为小白定制！（附代码） ”）。 一图胜千言。数据下载完成后，接下来我们先需要对... 阅 读 全 部 >
这段时间许多童鞋在后台问，TRIzol裂解的细胞能做翻译组测序（Ribo-seq）吗？今天统一回复下。图 (A)核糖体保护mRNA足迹不被消化；(B)将足迹与基因组比对，可以显示出哪些mRNA正在翻译以及翻译水平高低上图是Ribo-seq简化的实验流程图。Ribo-seq实验是这样做的：快速收获细胞并裂解，保持体内核糖体结合mRNA的位置。然后用RNase I对细胞裂解液进行消化处理（Nucl..... 阅 读 全 部 >
首先，让我们先回顾一下分子生物学的基本知识。人类细胞中的DNA序列长度约1828.8毫米，而细胞核的直径只有5微米，那么，如何将这些DNA装入核中是细胞面临的一个巨大挑战。好在DNA并不是裸露地存在于细胞核中，它们由核小体折叠缠绕，形成可以调节的结构。这就意味着DNA序列不能简单地理解为按照一维线性排列，而应该是具有三维折叠和环套状态的结构。我们知道DNA重测序，转录组测序，甲基化...阅读全文&... 阅 读 全 部 >