FFPE样本是医学领域常见的生物材料。此类样本已经被广泛应用于高通量测序、原位杂交、免疫组织化学等研究领域。目前，全球约有数亿FFPE组织样本,这些组织样本已经是疾病诊断和科学研究的最为宝贵的生物学资源之一。从FFPE中获得高质量核酸，是顺利推进下游实验的第一步。那么，如何从FFPE样本中获得高品质的核酸来进行下游实验呢？今天小编就来为您支招儿！01什么是FFPE样本？FFPE（For...阅读全... 阅 读 全 部 >
上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
上期回顾：FFPE样本制备及分析（上篇）| 实验技术专题0 1样本切片石蜡样本在提取前需要进行切片处理，一般需要5-6个切片，一片镜检确定肿瘤细胞含量，其他进行后续提取处理。切片的薄厚程度对后续观察和提取会有一定影响。切片过厚不利于后续染色和组织学观察，而且组织脱蜡和蛋白酶消化困难增加；切片过薄易造成DNA的机械损伤，同时切片总面积的增加，其表面黏附的PCR抑制因子将可能...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >
肿瘤组织是几乎唯一一种病人愿意让医生切下来的组织，医生对这些组织进行回顾性研究，有助于阐明疾病机制，发现治疗靶标和指示预后恢复。但离体的组织容易丧失原有正常的结构和功能，一般医院没有太好的超低温冷藏条件，而使用福尔马林固定石蜡包埋处理的样本（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）可以在常温保留很久，所以对肿瘤组织进行石蜡包埋保存就成了医院里最常用的..... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（FFPE）作为长期保存病理样本的金标准，已经存档了大量生物样品，不过这些被存档样品却因为前期固定包埋的时候，发生了核酸片段化、蛋白与核酸交联等情况，导致其价值无法被最大程度利用。随着基础研究和分子生物学相关技术的不断发展，FFPE样本的技术局限逐渐被破解，如今不仅可以在FFPE样本上开展单细胞转录组测序和空间转录组测序研究，还能同时进行空间原位多靶标蛋白检测，这..... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本是临床上长期保存病理样本的常用方法，其可以和有价值的临床数据（如患者临床资料，患者生存预后信息，用药和治疗疗效等）相关联，为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源 ，是进行回顾性研究的不二之选。但这种FFPE处理方式会使组织中的核酸发生不同程度的降解，在过去由于技术...... 阅 读 全 部 >
DisGeNET数据库是一个与疾病相关的基因数据库，整合了来自各种存储库（包括孟德尔，复杂和环境疾病）的人类基因疾病协会（GDA）和变异疾病协会（VDA）的信息。具体技术包括对基因-疾病词汇的mapping、DisGeNET本体分析。网址：https://www.disgenet.org/目前的版本DisGeNET v4.0，包含17,381个基因，15,093 种疾病、异常和...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
GenAlex是一款应用于EXCEL的生物数据分析工具插件，运行后可以在Windows的excel中使用，功能强大又好上手。它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析， 20多种不同的图表总结数据辅助检测。除此之外，序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式。操作步骤建立一个表格，第一行首先写上位点数，个体数，居群数，然后开始与第二行对应标... 阅 读 全 部 >
裸花紫珠Callicarpanudiflora Hook. et Arn为马鞭草科紫珠属植物，干燥叶入药，主产于海南、广东、广西等省份，是海南省道地药材和黎药大品种，为《中国药典》2020年版唯一新增收载药材，具有消炎、解肿毒、化湿浊、止血等功效[1]。课题组前期对海南岛裸花紫珠种质资源进行调查，发现生产上尚无优势品种，人工栽培种苗大部分来源于自留种，长期以来会导致种质混杂，药材产量与质量参差不齐... 阅 读 全 部 >