2022
01-02
01-02
技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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refTSS：为转录起始位点精准“定位”的数据库
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文献解析 | 联合表观基因组分析揭示了人类皮质类器官中细胞类型
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ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
01-01
01-01
一文初识NCBI数据库（一）
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心俗话说，民以食为天，而科研则以数据为天。NCBI包含的各类数据库无疑是科研数据积累的宝藏。今天，小编就用一文带你初步认识NCBI数据库。官方网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI 开发有 Genba...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021
12-31
12-31
Windows上Git安装（图解教程）
我们的平台是Windows，目的是将在github上的仓库拷贝到本地，同时本地可以提交代码到github上。首先下载工具下载地址下载位置安装Git，安装过程我们先全部默认，双击运行下一步继续下一步默认组件，点击下一步默认，下一步我们选择第二个，点击下一步默认下一步继续下一步...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021
12-26
12-26
R语言数据处理——数据合并与追加
数据结构的塑造是数据可视化前重要的一环，虽说本公众号重心在于数据可视化，可是涉及到一些至关重要的数据整合技巧，还是有必要跟大家分享一下的。在可视化前的数据处理技巧中，导入导出、长宽转换已经跟大家详细的介绍过了。今天跟大大家分享数据集的合并与追加，并且这里根据所依赖函数的处理效率，给出诺干套解决方案。数据合并操作涉及以下几个问题：横向合并；1. 是否需要匹配字段1.1 匹配字段合并 1.1.1 主字... 阅 读 全 部 >
2021
12-25
12-25
假装自己是只程序猿：Git 与 GitHub 操作简介
Git 与 GitHub 操作简介说明此部分文档由张光耀同学撰写，本质上与R 无关。但是鉴于诸多R 包开发者都将其源代码托管于GitHub，因此，我们仍有必要了解这一社会化编程的工具与网站。文档中Git部分的技术性强一些，就GitHub的操作而言，会Fork别人的repo，会使用Pull Request和Merge Request，会使用Markdown进行写作，几乎就可以伪装成一只文科程序猿了。... 阅 读 全 部 >
2021
12-22
12-22
PBS 作业管理系统使用总结
前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的，但是在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计...阅读... 阅 读 全 部 >
2021
12-18
12-18
EHPC通过断点续算和自动伸缩在抢占式实例上实现低成本HPC计算
E-HPC 低成本计算方案E-HPC作为阿里云上的云超算产品将HPCaaS公共云服务提供给客户，将公共云上资源弹性优势，高性能的优势，计算资源的多样性等优势提供给HPC用户，如果HPC用户追求极致性能的HPC集群，我们可以提供SCC，裸金属服务器，EGS异构计算资源。对于成本相对比较敏感的客户， E-HPC提供自动伸缩+抢占式实例+断点续算低成本计算方案，从而可以将云上普惠的高性能计算服...阅读... 阅 读 全 部 >
2021
12-12
12-12
中国学者2天连发9篇NAR，全部为医学数据库方向
Nucleic Acids Research/核酸研究，IF17分，在生物医学大数据领域一直都是投稿人心中的“圣洁女神”，发表在该刊上的文章同行认可度高、行业影响力大。随着医疗大数据时代的来临，越来越多的高质量临床数据被整理收集，形成了一套完整的数据库。近期我们发现，中国学者在NAR上接连发表了9篇生物医学数据库（database）的原创研究。 这些公共数据促进了临床数据和科研...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2021
12-06
12-06
BSA你真得懂了吗?
早在1991年，一位来自法国的生物学家Michelmore首次将BSA技术应用到莴苣的霉病抗性基因位点的验证之中，他利用RFLP和RAPD两种标记对两个不同抗性的莴苣混合样本进行探究，根据不同混池样本的RFLP和RAPD凝胶电泳成像结果，最终找到了3个与霉病抗性基因紧密相关的标记[1]，这一结果标志着BSA的“诞生”，由此拉开了BSA的序幕。高通量测序技术的不断发展，推进了BSA技...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
12-03
12-03
了解了袁隆平的父母，我更不淡定了……
本文精选自“少年大不同”有着“杂交水稻之父”的美誉，袁隆平也被国人亲切地称为“当代神农”。他之所以能获得巨大的成功，除本人努力外，还与其父母的教育方式有很大关系。袁隆平说，父母影响了他的一生。那么袁公的父母究竟是怎样的？他们之间又有着怎样的故事？01一代大师给另一代大师接生1905年，袁隆平院士的父亲袁兴烈出生于江西德安。袁兴烈在父亲的教导下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
