新中国成立以来已经开展了两次全国畜禽遗传资源调查，与前两次调查相比，第三次普查有以下五个特点。
第一，区域全覆盖。凡是有畜禽和蜂、蚕遗传资源分布的区域实现全覆盖，将以前未覆盖到的青藏高原区域和边远山区作为重点，共计2300余个县（旗、区）。其中，青藏高原区域和边远山区最有可能发现新遗传资源，是这次普查的重点区域。
第二，对象更明确。这次普查包括了列入《国家畜禽遗传资源目录》的猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅等17种传统畜禽和梅花鹿、马鹿、水貂、银狐、貉等16种特种畜禽，也包括了适用《畜牧法》管理的蜂和蚕遗传资源。所有的地方品种、培育品种和引进品种都纳入普查对象。
第三，内容更深入。这次普查除了继续注重畜禽遗传资源的分布区域、群体数量、体型外貌、生产性能等传统指标参数外，还有两个亮点，一是在分子水平上收集整理有关遗传信息，推动建立畜禽品种DNA特征库；二是依靠畜禽保种单位和养殖场户全面系统开展生产性能测定，确保数据准确、可靠。
第四，手段更先进。针对本次普查，我们专门研发了全国畜禽遗传资源普查信息系统和数据库，开发了PC终端软件和移动终端APP，普查数据可以即查即报，全部纳入数据库，实现动态监测和监督管理的信息化，将大大提高普查工作效率。
第五，保护更及时。此次普查同步启动抢救性收集保护工作，加大对濒危、珍贵、稀有资源的保护力度，对新发现的遗传资源，国家畜禽遗传资源委员会将按规定及时进行鉴定评估，最终实现应收尽收，应保尽保。
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