Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
谈到知识管理，很多小伙伴或许对 Zotero 不太熟悉，偶尔尝试也卡在上手的那几个关键小步骤，导致回避好的方法与工具，沿用从前的习惯干苦力活。本文将带你了解 Zotero 的安装与配置，配图较多，适合新手入门。Zotero 是一款极其优秀的开源知识管理软件，同时也是开智学堂信息分析课程力荐的神器之一，将带你接触到许多信息获取、知识管理的优秀内隐知识，接下来就让我们开始探奇吧！一、注册Zotero新... 阅 读 全 部 >
导读 一、SPSS 数据分析—描述性统计分析二、spss 常见统计图形一、SPSS 数据分析—描述性统计分析 SPSS 用于描述性统计分析的过程大部分都在分析—描述统计菜单中，另有一个在比较均值—均值菜单，虽然这几个过程用途不同，但是基本上都可以输出常用的指标结果。1、分析—描述统计—频率 此过程可以输出连续型变量集中趋势和离散趋势的主要指标，还可以输出判断分布的直方图、峰度值和偏...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
SigmaPlot 14(专业科学绘图助手)是一款流畅度高的科学绘图工具。？那就快试试绿色先锋小编推荐的SigmaPlot 14绿色破解版下载使用。它使用新的GraphProperties用户界面，您可以在左边的树中选择属性类别，然后更改右侧的属性。更改将立即图形化，如果您将光标移出面板，则它将变得透明，您可以在不离开面板的情况下看到更改的效果。“选择左转右”的过程使编辑您的图表快速和容易。...... 阅 读 全 部 >
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，几乎所有的后续分析，如alpha多样性分析，beta多样性分析，差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。建库测序步骤： 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA，..... 阅 读 全 部 >
一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息，需对样品的有效序列进行聚类，按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units )，得到每个cluster的序列及其代表序列（即为OTU），用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数，每列代... 阅 读 全 部 >
三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学，用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中，它被称做Finet...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和...阅读全... 阅 读 全 部 >
Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较，也就是样品间的差异，而上次提到的alpha多样性分析为样品内的多样性；Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离，反映样本（组）间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算 Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离，这些方法优势在于算法简单，考...阅... 阅 读 全 部 >
一、STAMP软件介绍可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制，可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析，以及图形化处理，官方网址为：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMPSTAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新，引用量高达260。STAMP软件是基于python编写的，除了windows版本外也有Lin... 阅 读 全 部 >
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha...阅读全文... 阅 读 全 部 >