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2022
05-21

ID转换不用慌，biomart帮你忙

大家好，我是Leopard。大家在处理生物信息数据，比如RNA-seq数据、芯片数据，或者从TCGA数据库下载的数据时，都会遇到各种各样的ID！这些ID就像是我们每个人的身份证，用于对基因进行标识。由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。Entrze ID... 阅 读 全 部 >
2022
05-20

Linux计划任务那点事儿

Linux 中经常看到利用 crontab 留后门，从接触的样本看多利用方式多是:① 是直接利用 crontab 命令；② 直接修改/etc/crontab。不论是样本，还是博客对其它方式讨论较少。本文主要讨论：① 计划任务有哪些类别；② 直接修改数据文件方式创建计划任务及其中的关键点；li...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-19

想要get到WGCNA，这篇就够了~

纵观近十年发表的转录组学文章，转录组应用的研究领域越来越广泛，数据的挖掘要求越来越高，实验设计方案涉及的样本数目日趋增多，这就对转录组数据的生物信息分析方法有更多更高的需求。今天跟大家分享的WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis），就是适合进行复杂转录组数据分析的工具。首先，我们了解一下WGCNA的概念WGCNA其译...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
05-19

WGCNA+多组学+体外实验=单基因模板文章！

大家好，我是蟀小伙儿，单基因文章想必大家都不陌生，近年来，单基因的文章层出不穷，内容也是五花八门，今天蟀小伙儿就和大家一起研究一篇发表在Oncoimmunology上的经典单基因文献，这篇文章内容非常丰富，但整体难度不是很大，希望能给想做单基因项目的小伙伴提供一些灵感～ 一、背景①口腔鳞状细胞癌（OSCC）是头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）最常见的亚型，其转移和复发率高，且对传统化疗耐药。 ②CD8... 阅 读 全 部 >
2022
05-18

不做实验也能毕业的技能-WGCNA

各位医学方的朋友，大家好，我是Flyman，今天给大家分享一篇WGCNA的文章，WGCNA不可否认在样本数目较多的情况下，应用越来越多，特别是基于WGCNA进行biomarker筛选，这篇文章是17年发表在Experimental Eye Research（（IF：3.152）杂志上。今天，我们主要从数据集的搜集与前处理、网络构建、模块识别、功能富集以及hub基因挑选5个方面来解读这篇文章。0..... 阅 读 全 部 >
2022
05-17

WGCNA分析，简单全面的最新教程

WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
05-16

数据挖掘，我们有秘密武器（下）

我们上一期介绍了数据挖掘中的表达量挖掘法（回顾戳这里☞），相信大家都已经了解了四大利器的威力，那么今天我们就带大家接着了解一下功能挖掘法和寻找“明星”的数据挖掘方法吧。图1.转录组数据挖掘常用方法功能挖掘法虽然我们进行了表达量的挖掘，但是每个基因在生物过程中都具有它们独特的功能，仅关注表达量的信息，会让我们漏掉非常多的信息。因此我们不能局限于表达量挖掘，而忽略了基因的功能。数据的挖掘除了...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-15

数据挖掘，我们有秘密武器（上）

在我们平时的工作中，经常会遇到小伙伴咨询，怎么样能对高通量测序的数据进行挖掘呢，有没有比较详细的文章能介绍一下呢。鲁迅先生曾说过，这世上本没有路，走的人多了，便也就成了路。同样的，问的人多了，自然方法也就来了。我们将历来的经验进行汇总，得出了一个常见数据挖掘方法：图1.转录组数据挖掘常用方法根据上面的图所示，转录组的数据挖掘可以从三个方面入手：表达量、功能和寻找“明星”入手，今天我们先来了解一下表... 阅 读 全 部 >
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