为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
为了深入探究物种进化、基因表达调控等生物学问题，组装一个高质量的参考基因组显得尤为重要。在进行基因组组装前，通常会借助Survey分析初步了解基因组的特征。那么，一张不起眼的Survey图究竟暗藏着怎样的玄机呢？下面，小编将与大家一起来揭秘！如何进行Survey分析？提到基因组Survey分析就不得不提K-mer评估，这是目前最常用的基因组Survey方法。所谓K-mer，是指从一...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
宏基因组组装有两种常见策略，一种是基于序列overlap关系进行拼接，代表软件有Omega；另一种就是基于de Bruijn图进行组装。基于序列overlap策略组装所要求的序列长度都比较长，因此这种策略更有利于跨越短重复序列，降低宏基因组中复杂的重复序列因素带来的干扰，参见上一篇文章《为什么宏基因组组装比一般的组装困难?》。由于现阶段的主流测序方法是二代短片段测序，序列短而且数目庞大，如果利用o... 阅 读 全 部 >
今天小编将与大家一起分享云平台里的微生物基因组数据上传指南，一起学起来吧~BioProject ID 的获得1.在 NCBI 主页右上角（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）My NCBI 登录系统中创建新的账号（已有就不需要），点击 Register for an account 创建账号：2.登录 BioProject（https://submit.ncbi.nlm.n... 阅 读 全 部 >
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式，以heat map、柱状图、散点图...阅读全文... 阅 读 全 部 >
论文发表说到底是一种学术交流的方式，但是传统的发表方式也有着一些弊端，比如从成文到同行评议到网上发表排版付印，极有可能花费几个月的时间。随着新冠疫情的发展，预印本网站被大家所熟悉，通过预印本网站快速发布自己的文章，更利于交流，也同时相当于将自己的idea 固定下来占个坑位。今天给大家总结一下影响力最大的六个预印本网站，方便大家查询投稿。1 、arXiv（网址：https://arxiv.org/ ... 阅 读 全 部 >
不知道小伙伴们有没有经历过由于在投稿过程之中或者文章被接收以后由于一些小细节的不注意而大大推迟自己文章在线或者发表的情况。我有一个朋友曾经在文章接收之后由于对手续没有理解透彻，直到一个月后杂志催促才幡然醒悟。。。本文所述内容是我们的超人编辑根据最近一次SCI论文接收以后的经历记录和总结，尤其是找到的一些相关资料（Gold open access和User license的介绍），希...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
SCI接收后，有一个很重要的过程就是proof——校对。这个校对主要针对一些单词，短语，句子，以及作者以及单位等信息，不可以大篇幅修改。现在很多出版机构是在线的，你需要在线回答相应的问题以及做出相应的修改就可以了，还有一部分是离线的，就是以PDF的格式发给你的，这个时候，你需要如何优雅的修改呢？今天小编找了个PDF修改方法分享给大家。阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
(一)投稿前准备工作和需要注意的事项、投稿过程相关经验总结投稿前准备工作和需要注意的事项：总结提示语：1)第一作者和通信作者的区别：通信作者(Corresponding author)通常是实际统筹处理投稿和承担答复审稿意见等工作的主导者，也常是稿件所涉及研究工作的负责人。通信作者的姓名多位列于论文作者名单的最后(使用符号来标识说明是Corr...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作为医学科研工作者，撰写学术论文和向期刊投稿是及时的将自己的科学发现与世界上其他学者分享的重要方式。一篇 SCI 学术论文在完成稿件撰写后，往往需要长时间的审稿。 而作为学术「守门员」的期刊编辑和同行评审专家需要对稿件进行多轮审稿，需要很长时间来完成这一工作。对于刚进入科研领域的同学来说，往往搞不清楚稿件投稿后的各个状态具体的含义。基于此，笔者拟通过本文来谈一谈稿件在审稿各个状态的含义及具体流程。... 阅 读 全 部 >