R语言中可视化包ggplot2可以绘制出优美的可视化图片，但如果要通过ggplot2个性化的绘制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的科研人员来说就有点困难了,基于ggplot2创建的可视化包ggpubr，用于绘制符合出版物要求的图形。作图方便简单，成图导出就可以用到文章中。01安装扩展包方法一、install.packages("...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/基于ggplot2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot，ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法，同时也能计算相关性p-value安装方法就不提了，不懂的可以浏览我以前的文章（可戳链接）library(ggcorrplot... 阅 读 全 部 >
承包你单细胞的所有美图_Scillus包Hi，大家好，我是晨曦今天这期推文来自一个小伙伴的留言A同学：曦曦，除了ggplot2以外有没有更方便的方法可以更加丰富的展示我的scRNA-seq的结果，就是类似于scRNA-seq的ggpubr包 晨曦：有的，马上就来~ 基于上面这个感兴趣的话题，我们就来看一下这个单细胞测序可视化的R包——Scillus包，可以承包你关于单细胞的所有美图哦~那么我们开始... 阅 读 全 部 >
各位医学方的朋友，大家好。今天我们聊一聊富集分析，说到富集分析，你会想到KEGG或者GO富集分析，GO实际上是GeneOntology两个单词的首字母简写，主要包括BP，MF，CC三个部分，分别代表的是生物学过程，分子功能和细胞定位。富集分析结果展示的时候，我们一般会画气泡图或者条形图，如下：气泡图条形图但是如果，我们想画出别样的风格怎麽办呢？那么今天，我们就推出我们的利器-G...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
考虑到很多做实验的小伙伴对很多生物信息学概念不是很了解，受实验小白的委托，我给大家写了一个非常简单的工具：KEGG富集分析KEGG是干嘛的捏？我这么跟你说吧：人类的七千多个基因组都是有已知功能的，KEGG把这七千多个基因分成了300个类，就是我们通常说的kegg通路；比如，我现在做了个实验，发现某细胞系里面的两万个基因里面有300个基因变化了，那这300个基因会涉及到KEGG数据库的哪几个通路？这... 阅 读 全 部 >
最近，云平台小姐姐被5组韦恩图魔咒环绕，困扰不已。所以，翻了一堆资料，终于找到原来还有进阶版展示交集情况的结果图。那就让我们一起来看看，到底是何方神圣如此强大。云平台网址：https://www.lc-bio.cn/tool/43## 致谢首先的首先，让我们给生信前辈大神们致敬，比如在此感谢大名鼎鼎的Y叔叔，请收下小侄（迷）女（妹）们崇拜的追随目光。感谢前辈对于经验和技能的无私分享（转UpSe..... 阅 读 全 部 >
韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量（或比例）。例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。例如以下示例，植物组织中响应7天氮缺乏（-N_7d）、7天磷酸盐缺乏（-Pi_7d）和盐胁迫（d）、冷胁迫（e）或干旱胁迫（f）...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
Venn图经常用于表现组间重叠元素的数量信息。但是随着分组数量的增多，Venn图的结构会越渐复杂，如下所示，当分组数量为5组时，已经不容易从中识别交集概况了。因此，这也是为什么很少见到5组以上的Venn图的原因。3组、4组、5组的韦恩图样式，分组越多越复杂可是有些时候，确实有待于展现大于5组的集合。如果不使用Venn图，应该怎样做呢？此时不妨试下UpSet图，它是在较多分组条件时取代Ve...阅读... 阅 读 全 部 >
如果您是数据科学家或机器学习工程师，那么您应该熟悉最高效的机器学习 IDE。IDE（集成开发环境）是 允许软件开发人员更轻松地编写、测试、调试和使用代码的工具。它的其他用途还有代码验证、文本编辑器、语法突出显示、补全、上下文建议、调试工具、方法和类规范、资源管理以及轻松访问帮助。IDE 通常具有广泛的功能集合。因此，它们也有利于数据科学编程。它们使程序员的生活变得更加轻松。...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
R语言作为一门统计计算和数据可视化为核心特色的工具性语言，其在可视化领域或者说数据呈现方面有着非常成熟和系统的解决方案。这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统（比如base系统、grid系统、lattic系统等），更重要的是它拥有（目前比较成熟的）系统级输出方案，你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容、图形布局、输出方法等。其一是shiny+shinydashboar... 阅 读 全 部 >