前几期我们介绍了扩增子测序分析流程，包括：微生物群落组成分析，α多样性分析，β多样性分析。接下来几期将结合R语言将扩增子测序分析结果可视化，从而更直观地展现群落结构及丰度分布。R是一门用于统计计算和作图的语言，其强大的绘图功能主要由众多的图形函数来实现，包括：高级绘图函数，低级绘图函数，图形参数。本期主要介绍通过柱状图，热图，韦恩图实现对微生物群落组成分析的可视化。1. 柱状图输入文件：在OTU聚... 阅 读 全 部 >
来源：解螺旋·医生科研助手导语我们把筛出来的差异表用一种直观的图表示出来，一般使用热图（heatmap）将差异表达基因进行数据可视化处理，传统的方法采用R语言包里面的（heatmap）函数对其进行绘制，这里重点讲解一下heatmap包各个常用参数的使用，如果要求较高可以采用这种方法来画图。另外，如果要求不高，也可以使用Heatmap builder这个软件做图，窗口化操作，方法简单。...阅读全文... 阅 读 全 部 >
热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至 CNS 顶刊，下至1到 2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服 editor和reviewer 的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。什么是热图...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
这一周R语言学习，记录如下。01多图排列组合patchwork包可以实现多图排列组合，并且功能强大、操作灵活。# 多图排列组合library(tidyverse)library(patchwork)theme_set(theme_light)dat <- palmerpenguins::penguins %>% filter(!is.na(sex)...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
从另一个视角看 R 语言的“方言” Tidyverse，以及 RStudio 对 Tidyverse 的提倡。作者简介作者 Norm Matloff 为 UC Davis 计算机科学教授（曾任 UCD 统计学教授）。中文翻译及投稿至 COS 经过作者 同意 [1] 。文中的“我”为作者视角，但译文中存在的任何不妥之处当然很可能是由译者引入的，还望读者不吝 赐教 [2] 。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者：黄天元，复旦大学博士在读，目前研究涉及文本挖掘、社交网络分析和机器学习等。希望与大家分享学习经验，推广并加深R语言在业界的应用。邮箱：huang.tian-yuan@qq.com关于提取关键词的方法，除了TF-IDF算法，比较有名的还有TextRank算法。它是基于PageRank衍生出来的自然语言处理算法，是一种基于图论的排序算法，以文本的相似度作为边的权重，迭代计算每个文本的TextRa... 阅 读 全 部 >
说在前面此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。我之所以学 ..... 阅 读 全 部 >
学会这3张图，搞定数据质控So easy嗨，小伙伴们大家好~！上期我们讲到数据质控的重要性，即在表达差异分析之前需查验数据质量是否合格，如下面3张图所示，热图、PCA图和聚类树的结果均表示实验组和对照组分开的比较好，数据质量可。那么这期我们就接着这个话题，来看看如何绘制这3张图，搞定数据质控问题So easy！▌加载示例数据加载基因表达谱和样本信息文件，gene exp res是已完成基因...阅... 阅 读 全 部 >
热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全文注释# 示例参考帮助文档# 我用Rstudio重现了所有示例# 初识R语言，请戳我的原创推文“”与“”# 使用Stata绘图，请戳我的原创推文“”# 本文以字母顺序排序程序包# 更多用于R语言绘图的程序包，欢迎在留言区补充cartogram扭曲的地图，以传达统计信息开发Sebastian Jeworutzki，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >