编者按：长读长测序技术由于在读长上所具备的优势，可以检测到结构变异、短串联重复，也可以检测到单体型，区分真假信息，同时还可以捕捉到其他复杂序列结构信息。随着准确性的提升，长读长测序的应用变得越来越广泛。那么当前使用者对长读长测序技术有哪些期望呢？长读长测序技术想要成为主导需要解决哪些问题呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。长读...阅读全... 阅 读 全 部 >
虽然短读长测序可准确地检测小变异，但对大STR、CNV和SV的检测灵敏度有限。长读长测序已被广泛用于人类基因组的从头组装和短读长测序未检测到的SV，但其在单碱基对（bp）分辨率上的准确性较低，这使得它们无法可靠地检测小于50bp的变异。为在基因组分析中满足对长读长和高准确性的双重需求， PacBio公司开发了兼具长读长和高准确度的HiFi长读长测序技术，使得长读长测序也适用于检测微小变异。荷兰马斯... 阅 读 全 部 >
编者按：近期，Nature Methods杂志发布了2022年年度最佳方法，长读长测序技术（Long-read sequencing）荣获这一荣誉。那么长读长技术在生命科学领域有哪些应用呢？又可以如何助力肠道研究呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。① 长读长测序技术令生命科学领域的科学家们兴奋的是，测序仪输出的r...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
一、研究背景单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞类型、状态和动态变化方面发挥着重要作用，但传统的短读长测序技术在全面表征RNA异构体方面存在不足。为克服限制，研究者们开发了单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）技术，这是一种基于杂交捕获的方法，能够针对超过一千个感兴趣的基因进行靶向测序，显著提高了每个细胞中靶向转录本的中位数，为深入研究卵巢癌等疾病的转录组变异...... 阅 读 全 部 >
SLAM-seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”，通过核苷类似物(S4U) 标记和高通量测序方法，实现对新生RNA与原有RNA的定量和识别。SLAM-seq技术有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化，鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化，以及揭示mRN...阅读全... 阅 读 全 部 >
近些年，单细胞思路是生信研究热点，非肿瘤的单细胞数据相对较少，因此巧妙地运用单细胞数据，是提高文章质量的关键。今天分享一篇非肿瘤相关的纯生信文章，将Single-cell和Bulk RNA数据相结合，用常规的分析方法，发表在Frontiers in Immunology上，一起来看看吧。阿尔兹海默症免疫相关基因的表达和潜在调控机制开始这篇文章之前，我们先回顾一下单细胞RNA测序和Bulk RN..... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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