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基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
经过软阈值确定，TOM矩阵计算，层次聚类和动态切割后，我们获得了一些基因模块，每个模块里面都可以看成是有共同目的的团伙。为了方便后面纷至沓来的相关性分析，尤其是跟性状的联合分析，现在需要选取出每个模块中的代表人物。这个过程就是寻找每个模块的eigengene(读音: 爱根金)这样，模块信息就变成了，行是eigengene，列是样本的矩阵了，十分简化。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
撰写：生信小师妹 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #miRNA#自从1993年发现第一个miRNA以来，miRNA相关文章已经发表了15W+，且研究思路主要是基于miRNA的经典机制（详见正文——大多数人看到的miRNA），以至于持续研究20多年后，miRNA已然成了过气明星。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
背景知识：哺乳动物的三维（3D）组织基因组在基因调控中起到重要作用，如增强子对靶基因具有很强的调控作用，拓扑关联域(TADs)是哺乳动物基因组组织的基本单位。Hi-C, ChIA-PET, Capture-C, Capture Hi-C, PLAC-Seq and HiChIP等染色体构象捕获技术的出现，使基因组空间组织的研究越来越得到重视。因此大量的染色体互作数据不断增加，如何高效快速的...阅... 阅 读 全 部 >
Hi-C分析很难吗？生信小白不会写脚本能自己分析吗？当然可以的，今天小编分享了安诺基因Hi–C分析百宝箱里的大宝贝-数据库WashU Epigenome Browser，今天要推荐给大家，让你轻松搞定Hi–C多组学联合分析。这是小编用过最赞的浏览器，没有之一哦，省时省力还省钱！年底将至，如果你的数据还没分析完，快来试试小编今天要推荐的这个神奇的网站吧~WashU EpiGe...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
想验证miRNA和靶基因的靶向互作？想知道转录因子与启动子的调控机制？想研究启动子的结构？想分析转录因子的转录激活……这些统统可以用双荧光素酶报告基因检测实验来实现，是不是很强大！那么如此强大的实验你了解多少呢？这么多的应用你会不会一脸懵呢？双荧光素酶报告基因到底是个啥“玩意儿”可以进行做这么多的实验？这些问题想要找到答案就跟着小远的文章往下看吧！原理简介荧光素酶（Luc...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
荧光素酶因为具有灵敏度高、检测快速、方便等特点而被广泛开发应用。萤光素酶是理想的报告基因，哺乳动物细胞中不含内源性萤光素酶，且其一转录完成立刻就生成功能性的萤光素酶。荧光素酶(Luciferase)报告系统是指以荧光素(luciferin)为底物来检测萤火虫荧光素酶活性的一种报告系统。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
背景介绍荧光素酶（Luciferase）生物检测技术诞生于1990年，距今已有30多年的发展史，1993年第一个萤光素酶专利获批，1996年双萤光素酶报告基因检测系统推出，为研究者的实验提供了更加可靠的工具，成为萤光素酶技术历史上的里程碑事件。荧光素酶是生物体内催化荧光素（luciferin）或脂肪醛（firefly aldehyde）氧化发光的一类酶的总称，来自于自然界...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
确保外源基因在细胞或者动物体内，持续和高水平的表达具有广泛的应用需求及科研价值。当前递送外源基因的生物学手段，主要是运用质粒或者病毒作为媒介表达基因，而启动子是实现基因表达的基础元件。但是，经常有老师反馈，为什么基因表达不强呢？为什么细胞传代几次之后就不表达了呢？今天，小编带您盘点下，常用的组成型启动子表达效率与细胞的关系。启动子是位于结构基因上游的一段可以行使转录起始功能的序列，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >