超级增强子：基因调控的"黑匣子"
Ensembl数据库|常用基因组数据库介绍
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我们接着讲生物信息学的资源，之前我们介绍了NCBI，欧洲也有一个非常大的centralized resource，叫EBI 。和NCBI有点类似，也是一个包含各种各样数据库这样的资源，它主要也是针对从序列到蛋白到蛋白结构到表达到通路到Ontology各个方面。首先在DNA，RNA和蛋白的方面，基因和基因组最主要是有一个ensembl，很多人不知道EBI也会知道ensemb...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022年10月4日， Nature Genetics在线发表了德国莱布尼茨植物遗传与作物研究所（IPK）Jochen C. Reif和Martin Mascher联合团队及其合作者题为“ Genomics-informed prebreeding unlocks the diversity in genebanks for wheat improvement ”的研究论文。该研究通过对大量...... 阅 读 全 部 >
群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。其应用数学和统计学方法研究群体中基因频率和基因型频率以及影响这些频率的选择效应和突变作用，研究迁移和遗传漂变等与遗传结构的关系，由此探讨进化的机制。今天小编与大家沟通学习总结一下群体进化的15个小知识。01群体：是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导言：寻找既能杀死癌细胞又能使正常组织毫发无损的疗法是肿瘤学研究的“圣杯”。近年来，虽然细胞免疫治疗取得了长足的发展，然而实现对癌细胞的精准靶向仍然具有挑战性。近期，在两篇新的论文中，加州大学旧金山分校和普林斯顿大学的科学家们提出了一些互补的策略，用“智能”细胞疗法来解决这一问题。在9月23日发表于的《Cell System》的论文中，研究人员利用机器学习算法，分析了癌细胞和正常细胞中数...阅读... 阅 读 全 部 >
AI & 癌症研究多组学技术和人工智能算法的同步发展推动了癌症精确医学的发展。2023年1月《 Seminars in Cancer Biology 》发表了一篇综述文章， 全面总结了基于人工智能的多组学肿瘤分析的最新进展，重点介绍了基于人工智能的多组学技术在癌症诊断、分类、早期筛查、反应评估和预后预测方面的应用。多组学技术随着高通量生物技术的发展，已经开发了多种组学技术来表征不...阅读... 阅 读 全 部 >
机器学习的兴起为大数据时代掀起新的浪潮。机器学习是人工智能的一个子集，通过泛型算法从数据集中发现模式和相关性并建立逻辑，并根据数据分析结果做出最佳决策和预测。目前机器学习已大量应用于各行各业，助力各产业或科学研究的深度提升。美国加州斯坦福大学的Tony Wyss-Coray团队于2022年6月在Nature Reviews Genetics上发表的一篇名为“Measuring biolo...阅读... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
往期我们学习过一个表达趋势折线图+模块热图+GO富集注释的组合类图表绘制，详情可戳：《炫一个模块热图+GO功能富集组合图展示空间功能特征！》 ，后期图表美化主要使用AI完成，如下图。这两天看到另一个比较有意思的R包ClusterGVis，可以同时完成聚类+富集，并生成发表级的组合图表，效果如下。非常方便省事，适合懒人。下面就来学习一番！#相关R包下载与载入：devtools::install_gi... 阅 读 全 部 >
正常情况下，我们绘制的常规热图都是直直的，这样更便于我们进行数据的展示和阅读；但上周收到小伙伴的问题：能不能把热图“卷”起来，绘制环状的热图？当然也是可以的，我们先看几个文献中的案例：（ BMC Genomics ，2018） （ Microbial Biotechnology , 2017） （ Cell ，2021） 环状热图我们也经常会在论文中看到，用法和热图相同，但更适合于需要展示较多基因... 阅 读 全 部 >