细胞中DNA结合蛋白数目众多、功能各异，在复杂的细胞环境中，这些蛋白如何知道自己应该结合于基因组的具体位置？这就得依靠DNA序列上的某些特定标识来引导它，motif（结合基序）是DNA上的指路牌，蛋白通过motif 可识别DNA结合位点。不同的motif具有不同的特性，可被不同类型的蛋白识别，与蛋白结合的能力也不尽相同。转录因子通常通过识别motif，与基因的调控区域结合，发挥转录调控作用。mot... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq简介ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性（通常也了解为染色质的敞开性）的办法， 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA, RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
今天要介绍一下数据挖掘，从大量已有的数据来产生新的hypothesis。正如我在ChIPseeker的文章里写的：There are increasing evidences shown that combinations of TFs are important for regulating gene expression (Perez-Pinera et al., 2013; ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因子的motif位点等，就可通过ChIP-seq来实现。作了ChIP-seq试验，经过初步下机处理并比对参考基因组之后，获得了目标蛋白在基因组区域的结合峰位置。接下来，就需要对峰位置进行注释，获得这些峰结合在了哪...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新，欢迎您关注老俊俊的生信笔记。神器之 computeMatrix + 绘图介绍上期 ” Deeptools 神器之 bamCoverage” 讲到如何将 bam 文件转化为 bigwig 文件可视化每个基因的 reads 覆盖情况，此外如果想对某些特定类型的区域例如 TSS（transcription start site）、TES（transcrip...阅读... 阅 读 全 部 >