转录因子HY5（ELONGATED HYPOCOTYL5）是基本亮氨酸拉链类（basic leucine zipper，bZIP）转录因子类的转录因子，最早是在拟南芥中克隆得到[1]。HY5编码的蛋白为光敏色素下游的核心光信号调节因子，在光信号通路中具有十分重要的作用，HY5的C末端具有特殊的bZIP结构域，能够直接与基因启动子作用元件G-box（CACGTG）相结合，从而能调控基因的表达它能通过... 阅 读 全 部 >
从小白的角度，一刻钟复现生信套路各位小伙伴大家好，这里是美丽专栏。前面两期，我们复现了两篇非肿瘤生信文献，今天，我们继续开展非肿瘤文章的复现。话不多说，开始今天的复现之旅吧。往期传送门 TCGA+GEO单基因生信SCI，15分钟手把手带你复现（内附详细操作教程）最简配的2区生信SCI长啥样？360度无死角让你彻底搞懂，复现！思路原理都在这里了！建议收藏！（附详细操作过程） 别不信！近...阅读全文... 阅 读 全 部 >
今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >
TCGA生信挖掘必备数据库合集小伙伴们大家好，肿瘤相关的生信文章绝大多数离不开TCGA数据库（ https://portal.gdc.cancer.gov/）。但新手小白们可能对这个网站中的数据无从下手，或者仅仅知道寥寥几个相关网站还没能探索到相关的神奇功能。那么，我就来为大家总结一下TCGA生信挖掘必备的数据库合集吧！ 最权威的网站资源1.cBioPortal（http://www.cbiopo... 阅 读 全 部 >
做个铺垫上次写的表观遗传学第一弹“如何研究DNA甲基化”的推文，反馈不错，小编还是有点小欣喜的！今天，小编打算把上篇提到的DNA甲基化的BS技术单独提出来，跟大伙儿详细介绍一下基于该技术的数据分析流程及实现。读过上篇的童鞋们已经了解到，BS技术就是基于亚硫酸盐将胞嘧啶C转化成为胸腺嘧啶T并测序。 上篇推文入口 >>Lister等在2008年首次通过该技术研究拟南芥和人的全基因组甲...... 阅 读 全 部 >
snakemake是什么？大多数生物信息初学者最早接触的生物信息分析流程，大多数是用脚本语言（Perl、shell、R、Python等）将生物信息流程中的各个功能写成一个个脚本，再用大脚本套小脚本的方式将整个流程打包封装。这种方式对编程能力有很高的要求，否则很容易出现流程bug、无法监控任务运行状态、无法有效查看任务日志等问题。等实验室终于出了个大牛将这些问题都解决了，可能大牛又要毕业了，新来的生... 阅 读 全 部 >
解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
生信实操ENA数据库：European Nucleotide Archive，隶属European Bioinformatics Institute, 功能类似于SRA, 对每个研究产生的数据做了详细注解，主要优势：界面简介友好，直接以表格呈现，且可直接得到原始数据文件的下载地址，并且不用花时间做fastq数据文件的转换，对有数据需求的研究人员来说这是个数据再次挖掘的金库。列举下生物数据的...阅... 阅 读 全 部 >
领略高端套路，发表高分文章！今天带给大家的是一篇于2021年1月发表在《Cell》上的高分生信文章，题目是“ A modular master regulator landscape controls cancer tranional identity”。 期刊简介数据来源 & 思路框架本项研究意在将基因组的改变与癌细胞转录的特性联系起... 阅 读 全 部 >
差异基因富集方法之Friends分析大家好，我是阿琛。今天，我们来给大家介绍一种常见的拓展生信分析方法。在常规的⽣信文章中，我们往往能够得到⼀大堆的显著差异表达基因。然而，从⾥面挑选哪⼀个基因出来进行验证常常让我们感到困扰。 通常，我们会从这些特定的蛋白功能信息出发，根据差异基因的条⽬进⾏富集分析，查找与其功能相似或相关的蛋白质，关联、比较、量化，看看是否富集在某个GOterm或者KEGG通路当中... 阅 读 全 部 >