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2023
06-24

看过三体吗？代谢组学解决方案也能那么科幻

时维深冬，蒹葭仍苍，想到诗经中的意境，小编禁不住要为我们的产品赋一首属于这个季节的古风歌。彼组学之华兮，在水一方。求之不得兮，寤寐思服。爰赛默飞解决方案之厥功兮，大功可期。——吴泽明赛默飞代谢组学解决方案之蒙太奇——三体舰队来袭！列位客官也看出来了小编是个玩质谱的文青。今天小编我就用电影镜头语言来重现赛默飞代谢组学解决方案的三个应用场景。小编爱质谱也爱科幻，近期在二刷偶像大刘的《三体》。想着 ..... 阅 读 全 部 >
2023
06-23

常用LC-MS平台公共代谢数据库类型大合集

我们知道在代谢组学实验鉴定后，原始数据经软件解析后将得到代谢离子以及二级碎片离子的谱图信息，如：离子的质荷比（m/z）、保留时间（Retention time）及在信号强度值（intensity）等，通过与数据库中一二级代谢物的谱图信息进行匹配，来确定检测到哪些代谢物。但在谱图匹配中一定少不了数据库，继上期小编分享了四连发 | 新鲜出炉!同一期刊连发4篇，鹿明LC-MS非靶向代谢“...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
05-20

3分钟带你看懂代谢组学研究中常用的“套路”

上一周谷君给大家介绍了“”，获得了大家的广泛好评。但是懂行的人都知道，代谢组学的研究纷繁复杂、种类繁多，实验得到的数据量也相当惊人。那么如何在代谢组学的研究中理出头绪呢？今天谷君整理了一些常用的“套路”，希望能够给大家一些启发。一：代谢组学分析流程一般来说，代谢组的分析流程有：首先将代谢组分进行预处理， 预处理的方法由测量分析方法决定，如使用质谱方法分析，则需要预先对代谢...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

文献解读 | 草鱼的不同饲养方式对肉质的影响

昨天是2019年情人节，鹿明生物向一直支持我们的伙伴们致以诚挚的节日祝福。说到情人节，大家可能在准备一顿丰盛的晚餐，晚餐上是不是有鱼呢？下面这篇论文文献解读就是关于草鱼的不同饲养方式对肉质的影响，让你挑鱼也有理有据，学生物的就是这么“讲究”。基本信息文章名：Metabolomics investigation of dietary effects on flesh quality in ...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
05-02

GWAS与其他组学的贯穿分析

传统的全基因组关联分析，是直接阐述DNA与外在表型间的关联。但这一方法也存在一些不足。传统GWAS的不足1难以确定具体功能突变由于连锁不平衡的作用，与特点性状关联的区域往往具有较大的宽度，从而难以确定具体功能突变。如下图[1]，氯吡格雷GWAS分析的结果咋一看是个细峰，实际放大后你会发现这个峰具有1.5Mb的宽度。峰的区域内涵盖了CYP2C18- CYP2C19-CYP2C9- CYP2...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-27

干货篇|代谢组与微生物联合分析实战

微生物组测序 （主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无...阅读全... 阅 读 全 部 >
2022
05-09

分析代谢组数据，大名鼎鼎的xcms来了！

xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

用超经典的mzmine2，对代谢物进行对峰

提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
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