一、STAMP软件介绍可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制，可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析，以及图形化处理，官方网址为：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMPSTAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新，引用量高达260。STAMP软件是基于python编写的，除了windows版本外也有Lin... 阅 读 全 部 >
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha...阅读全文... 阅 读 全 部 >
一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息，需对样品的有效序列进行聚类，按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units )，得到每个cluster的序列及其代表序列（即为OTU），用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数，每列代... 阅 读 全 部 >
此处结合微生物群落研究中的16S扩增子分析数据，给大家分享怎样在R中进行韦恩图（Venn plot）和花瓣图（Flower plot）绘制。 在R中，可用于绘制韦恩图的R包有很多可供选择，本文中选择了VennDiagram、venn、UpSetR共3个R包进行介绍。同时在本篇博文的最后，给出了3个可在线绘制韦恩图的网站，以提供更多的可选方法。 作图示例文件、R脚本等，已上传至百度盘，无提取码（若失... 阅 读 全 部 >
微生物多样性或者宏基因组分析中，往往有几个出现频率很高的词，比如 OTU，群落结构，alpha多样性， beta多样性。今天就来通过分析思路上（主要围绕微生物多样性）给大家解释一下这些高频词汇。一、OTU分类OTU[1]全称为Operational Taxonomic Unit, 直译过来是操作分类单元，其实是人为进行定义的分类单元， 即一般是在微生物多样性分析中，对序列以97%的...... 阅 读 全 部 >
Life is just a series of trying to make up your mind生活只是由一系列下决心的努力所构成下定决心去做一件让你改变的事的开始是一件很痛苦的事情（至少我有这种感觉），其实人长大积累了各种各样的习惯，也是这些习惯构成了你现在的生活，让你抛弃一种习惯去学习新的习惯（即使这个习惯会使你成为更好的自己）就犹如蛇蜕皮迎新生，旧的习惯就像...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。测序示意图1 基本概念1.1 adapter接头，为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段1.2 index或barcode几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本1.3 insert待测序的目标序...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。为什么要有barcodes ？原因很简单，一个lane有效数据30来G我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA-seq，哈哈，所以在建库的时候，对每一个样品接头上加上不同的标签序列，然后用于测序，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据，从而...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在做生物信息的过程中，经常需要进行各种文件格式。每一种生物软件都有固定的文件格式要求。因此，需要非常每一种数据的文件格式，从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。fasta文件格式FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格...阅读全文&... 阅 读 全 部 >