我们平常通过数据库查找某个基因的相关信息时，会发现该基因有多个转录本。为什么一个基因可以有多个转录本呢？转录本能干什么？转录本其实就是基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。一个基因有可能有多个转录本，原因是由于不同的剪接方式造成的。我们都知道，基因转录之后，首先是形成前体mRNA，通过剪切内含子连接外显子，5’端加帽及3’端加尾之后形成成熟的mRNA。...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
今天我们要讲的主题是RNA的甲基化修饰。是的，不是DNA不是蛋白，也不是前面我们介绍过的microRNA、lncRNA与甲基化（（策略篇）甲基化：一个与lncRNA剪不断理还乱的主题，（文章篇）S3E15: 组蛋白甲基化修饰在lncRNA水平调控中的作用），就是RNA水平的甲基化修饰。1. 什么是RNA甲基化修饰？我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基...阅读... 阅 读 全 部 >
前言RNA甲基化是当今最热门的研究领域之一，2017年共有125篇m6A相关文献发表。而今年更是井喷式增长，截止目前，已发表144篇文献，其中不乏nature，cell等顶级期刊。m6A的功能也是十分强大，涉及生长发育的各个方面。概述m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰，占到RNA甲基化修饰的80%。早在上...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2017年发表的文章《CircView: a visualization and exploration tool for circular RNAs》曾对近几年发表的circRNA文章数目进行统计。统计发现早在20世纪90年代circRNA的文章就有报道，但是低迷很长一段时间。2013年预测circRNA工具的文章发表，使得2013年成为circRNA研究的转折点，当年发...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
基于生物研究的中心法则而言，一般来说一个基因是从DNA- RNA-蛋白的过程。但是在研究过程当中，总有一些基因是不会最后翻译成蛋白的。所以我们就把这种不翻译成蛋白的RNA叫做非编码RNA(non coding RNA, ncRNA)。这里我们就简单的总结一下ncRNA的分类。对于ncRNA的研究，随着研究的深入肯定会发现更多类型的ncRNA。这里我们是基于19年发表的一篇综述当中的分类来进...阅... 阅 读 全 部 >
都说做人难，做好人更难，好人全靠高情商。都说lncRNA情商极高，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋白质)关系紧密，八面玲珑的lncRNA那是相当吃得开啊。想在生物行业这个圈子里混得好，还得多向lncRNA学习。来，咱们今天就向大家分析分析lncRNA如何在圈子里如鱼得水，嘿嘿！图1 （网络来源图片，和珅）lncRNAs作用范围广泛，机制非...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
蛋白质是生命体的构成者，生命活动的主要承担者。人们曾经一度认为只有编码蛋白的基因才具有重要功能。随着研究的深入，越来越多的证据表明DNA转录的非编码RNA并不是毫无作用的“垃圾”，其中的lncRNA，miRNA，circRNA可参与多种生物学进程，发挥重要的调控功能。今天我们先为大家简要介绍非编码RNA中其中的两个重量级成员——lncRNA和circRNA。后续我们会分期从研究策略和应用案例进行详... 阅 读 全 部 >
导语非编码RNA种类繁多，家族庞大，没一定的方法根本就记不住都有谁。麦子有一套记忆心得来帮助大家记住这些非编码RNA的种类和功能，免得老板问起来什么都不知道。非编码RNA由于功能强大，站上舞台摇曳生姿已久，前几日老谈问我：“非编码RNA除了热门的miRNA，lncRNA还有啥啊？”我本想不屑一顾，结果：“多呢，还有tRNA，rRNA, 什么什么RNA来着，反正那几个嘛！呀，我好忙呢！”额，只能一溜... 阅 读 全 部 >
背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和...阅读全... 阅 读 全 部 >
16S概念什么是16S？S是什么意思？16S分析是用来干嘛的？能分析什么？16S大致的分析原理是什么？有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关，但大多数还是搞不清楚它们之间的关系。先明确一些概念：核糖体：Ribosome，由 RNA(rRNA）和蛋白质 组成，配合 tRNA 来翻译 mRNA。核糖体按沉降系数来分类，S就是沉降...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >