在当今的生命科学和临床等领域，基因测序技术扮演着越来越关键的角色。经过近50年的技术探索，测序技术已从最初的Sanger法，发展到NGS，再到SMRT和纳米孔等单分子长读长测序技术。相较于NGS等短读长测序技术，长读长测序技术因其能提供平均读长超过前者两个数量级以上的序列，为科学研究和临床应用提供更强大工具，极大地拓展了测序所能覆盖基因组范围以及能解读变异类型的范围，重新定义基因测序的可能性。因此... 阅 读 全 部 >
编者按：长读长测序技术由于在读长上所具备的优势，可以检测到结构变异、短串联重复，也可以检测到单体型，区分真假信息，同时还可以捕捉到其他复杂序列结构信息。随着准确性的提升，长读长测序的应用变得越来越广泛。那么当前使用者对长读长测序技术有哪些期望呢？长读长测序技术想要成为主导需要解决哪些问题呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。长读...阅读全... 阅 读 全 部 >
虽然短读长测序可准确地检测小变异，但对大STR、CNV和SV的检测灵敏度有限。长读长测序已被广泛用于人类基因组的从头组装和短读长测序未检测到的SV，但其在单碱基对（bp）分辨率上的准确性较低，这使得它们无法可靠地检测小于50bp的变异。为在基因组分析中满足对长读长和高准确性的双重需求， PacBio公司开发了兼具长读长和高准确度的HiFi长读长测序技术，使得长读长测序也适用于检测微小变异。荷兰马斯... 阅 读 全 部 >
编者按：近期，Nature Methods杂志发布了2022年年度最佳方法，长读长测序技术（Long-read sequencing）荣获这一荣誉。那么长读长技术在生命科学领域有哪些应用呢？又可以如何助力肠道研究呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。① 长读长测序技术令生命科学领域的科学家们兴奋的是，测序仪输出的r...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
一、研究背景单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞类型、状态和动态变化方面发挥着重要作用，但传统的短读长测序技术在全面表征RNA异构体方面存在不足。为克服限制，研究者们开发了单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）技术，这是一种基于杂交捕获的方法，能够针对超过一千个感兴趣的基因进行靶向测序，显著提高了每个细胞中靶向转录本的中位数，为深入研究卵巢癌等疾病的转录组变异...... 阅 读 全 部 >
1. 超级增强子介绍超级增强子的概念于2013年由美国学者Richard A. Young及其团队首次提出。与调控范围通常在200-300个碱基对（bp）的普通增强子相比，超级增强子的显著特征在于其巨大的基因组跨度，通常可达8至20千碱基对（kb）甚至更长。 超级增强子区域结合多种转录因子，调控转录状态。超级增强子和普通增强子1.1 定义与发现发现历程：从普通增强子到超级增强子超级...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在现代生命科学研究中，基因组数据 已成为不可或缺的资源。无论是基础研究还是转化医学，如何快速、准确地获取并解析基因组信息，直接决定着科研效率。在众多基因组数据库中，Ensembl 无疑是全球最常用、功能最全面的基因组浏览与注释平台之一。打开浏览器，输入 https://www.ensembl.orgEnsembl数据库1. 什么是 Ensembl？Ensembl 是由...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在日常科研和数据分析中，Python环境管理常常是大家的第一道坎。不同的软件和包之间可能存在依赖冲突，这时候一个好用的环境管理工具就显得尤为重要。Conda 就是这样一款跨平台的包管理与环境管理工具，它不仅可以管理 Python 包，还能管理 R、C++ 等多语言依赖，是生物信息、机器学习、数据分析等领域的必备工具。很多同学一听到 Conda，就会想到庞大的 Anaconda。但其...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
传统上，纹状体黑质神经元以促进运动而为人所知，它包含多种具有不同转录组特征的亚型。然而，它们对运动调节的具体作用仍未被完全理解。通过使用基因标记物 Kremen1 和 Calb1，我们在小鼠模型中证明，Kremen1 阳性（Kremen1+）和 Calb1 阳性（Calb1+）的纹状体黑质神经元对运动有着相反的作用。Kremen1 + 神经元在运动开始时激活较晚，但在运动结束时活...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
ZeroTier是一种开源软件和虚拟网络服务，旨在简化和自动化虚拟专用网络（VPN）的创建和管理。它允许用户通过互联网建立安全的、点对点的网络连接，从而使不同地理位置的设备能够像在同一个局域网中一样进行通信。以下是ZeroTier的一些关键特点：1.跨平台支持：ZeroTier支持多种操作系统，包括Windows、macOS、Linux、iOS和Android，使其适用于各种设...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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