蛋白激酶是一类在细胞内发挥关键调控作用的蛋白质，被广泛视为细胞调控网络的“主宰者”，其在细胞信号传导、生理调节和疾病治疗领域中的关键作用，使其荣膺生物医学研究中的“重要之星”，是药物研发中备受关注的靶点之一。2022年，FDA批准上市的37种新药中，就有5种药物属于小分子激酶调节剂。针对激酶的药物研究旨在调控相关生物学过程，从而对抗疾病。作为生物分子世界中的调控“大师级”元素，如何应用生信分析解析... 阅 读 全 部 >
CRAN安装R包CRAN (Comprehensive R Archive Network) 是 R 语言的官方仓库，几乎所有主流的 R 包都可以通过 CRAN 安装。镜像设置建议使用CRAN安装R包前，将镜像设置为离您较近的镜像点，这里推荐清华大学提供的CRAN镜像，选择后，保存即可。CRAN镜像设置安装时可以点击Packages标签内的Instal...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
上一期我们介绍了Rstudio的安装：详细教程 | 手把手教你安装Rstudio部署生信环境 本期我们一起来认识下Rstudio的界面探索 RstudioRStudio是一个集成开发环境（IDE），为R语言设计，提供了编写、测试和调试R代码所需的所有工具。其界面设计旨在提高R语言开发者的效率，包含多个面板和选项卡，每个都有特定的功能。以下是对RStudio界面主要部分...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >